对肿瘤突变负荷的整合基因组分析显示，头颈癌的免疫疗法治疗效果存在差异

《BMC Cancer》：Integrated genomic analysis of tumor mutational burden reveals heterogeneous immunotherapy outcomes in head and neck cancer

　　

摘要

背景

头颈癌是一种高度异质性的恶性肿瘤。免疫检查点抑制剂改变了头颈癌的治疗格局，但临床疗效仍存在较大差异。肿瘤突变负荷在临床测序分析中被广泛报道，但其单独用于指导免疫检查点抑制剂使用的价值尚不确定，且在常规实践中，如何结合其他基因组改变来解读这一指标也缺乏明确标准。

方法

我们使用551基因靶向测序面板对389名中国头颈癌患者进行了回顾性分析，并在MSKCC接受免疫检查点抑制剂治疗的病例群中验证了关键研究结果。通过全面分析肿瘤突变负荷、拷贝数变异、肿瘤融合负荷以及种系变异，试图确定影响免疫疗法疗效的分子因素。

结果

肿瘤突变负荷高的肿瘤占所有病例的23%，这类肿瘤中TP53、NOTCH1和PIK3CA基因的突变较为常见；而肿瘤突变负荷低的肿瘤则常出现拷贝数变异，包括CCND1、EGFR和FGFR1基因的扩增以及CDKN2A基因的丢失。在MSKCC病例群中，将肿瘤突变负荷与PIK3CA、TP53、NOTCH1和FAT1基因的突变状态相结合，比仅依据肿瘤突变负荷能更准确地预测免疫疗法的疗效，这凸显了在解读肿瘤突变负荷时考虑基因组背景的重要性。此外，较高的肿瘤融合负荷与不同的化疗敏感性模式相关，而DNA修复基因中的种系变异则会增加体细胞突变的积累。

结论

这些研究结果表明，头颈癌的免疫疗法疗效受肿瘤突变负荷的基因组背景的显著影响。整合基因组分析为理解基于基因组信息的癌症治疗中的异质性提供了有生物学依据的框架。