EpiTIL：与原发性黑色素瘤生存率相关的甲基化肿瘤浸润淋巴细胞预测因子

《Clinical Epigenetics》：EpiTIL: methylation tumor infiltrating lymphocyte (TIL) predictor associates with survival in primary melanoma

　　

摘要

背景

黑色素瘤具有免疫原性，其肿瘤浸润淋巴细胞存在显著差异。病理学家通常会将原发性黑色素瘤的TIL等级分为活跃、不活跃和缺失三类，但这一等级并不用于分期。虽然活跃的TIL等级能预示更好的黑色素瘤特异性生存率，但不活跃的TIL等级往往缺乏预后意义。在II期和III期患者中，有很大比例的原发性黑色素瘤被评定为不活跃的TIL等级。我们的目标是通过以免疫荧光CD3+染色作为真实值，利用DNA甲基化数据定量预测原发性黑色素瘤中的T细胞比例。

结果

我们对80例原发性皮肤黑色素瘤进行了多重免疫荧光（CD3、CD8、S100）检测以及全基因组DNA甲基化分析，通过弹性网模型计算CD3+ T淋巴细胞的比例，从而构建了一个名为EpiTIL的定量预测模型，用于预测原发性黑色素瘤中的TIL数量。黑色素瘤特异性生存率的Kaplan–Meier曲线因EpiTIL等级的不同而存在显著差异（p=0.001）。EpiTIL评分处于中间或最高等级的患者，其黑色素瘤特异性生存率的中位概率高于评分最低的患者。通过比例风险回归分析发现，除了年龄、性别和分期之外，EpiTIL还为黑色素瘤特异性生存率提供了重要的预后价值（p=0.012）。该预测模型在TCGA（n=352）和InterMEL（n=399）两项多组学研究中也得到了验证。在TCGA的黑色素瘤样本中，不同EpiTIL等级组的生存曲线也存在显著差异（p=0.009），且EpiTIL评分还能为临床因素提供额外的预后信息（p<0.002）。在针对II/III期黑色素瘤的InterMEL病例对照研究中，5年内无复发的患者（对照组）的平均EpiTIL评分明显高于5年内因黑色素瘤死亡的患者（病例组）（p=1.5e-11）。即使经过年龄、性别、分期和TIL等级的调整，逻辑回归分析仍显示EpiTIL评分能够显著预测5年无复发的黑色素瘤特异性生存率，其中最高与最低EpiTIL等级组的比值比为4.7（p=2.38e-06）。将EpiTIL预测模型应用于Newell转移性黑色素瘤队列后，我们发现对免疫检查点抑制剂有反应的患者，其平均EpiTIL评分也明显高于无反应患者（p=0.047）。

结论

EpiTIL是一种基于DNA甲基化的T细胞比例预测指标，在原发性黑色素瘤中具有潜在的预后价值，尤其是在II期和III期病例中。此外，原发性黑色素瘤较高的EpiTIL评分与转移性疾病中对免疫检查点抑制剂的更好治疗反应呈正相关，这表明该指标有望帮助识别最可能从免疫疗法中获益的患者。