《Modern Pathology》：Subclonal Complete Loss of
CDKN1B as a Common Genomic Alteration in Prostate Cancer: Associations With Race and Prostate Cancer Outcomes
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研究人员指出，CDKN1B（编码p27蛋白）的双等位基因失活在传统认知中于包括前列腺癌在内的癌症里较为罕见。本研究报道，亚克隆性CDKN1B基因组丢失在原发性前列腺癌中的患病率，尤其在自我报告为非裔美国人（African American/Black, AA）
研究人员指出，CDKN1B（编码p27蛋白）的双等位基因失活在传统认知中于包括前列腺癌在内的癌症里较为罕见。本研究报道，亚克隆性CDKN1B基因组丢失在原发性前列腺癌中的患病率，尤其在自我报告为非裔美国人（African American/Black, AA）个体中，可能被既往研究低估。研究人员利用p27蛋白免疫组织化学（IHC）检测，在来自AA与欧裔美国人（European American, EA）的根治性前列腺切除大体组织切片大队列（n=412）中发现，较大肿瘤结节内存在意外高频的肿瘤内完全p27蛋白缺失（intratumoral complete p27 protein loss, IPPL）区域，且周围肿瘤细胞p27染色完整；该现象在AA个体前列腺癌中（18.1%）较EA个体（12.2%）更常见。IPPL区域与CDKN1B mRNA原位杂交（RISH）缺失紧密关联，并且激光捕获区域下一代测序（NGS）证实这些局灶IPPL与CDKN1B基因组丢失密切相关。IHC检出的IPPL与≥pT3病理分期（前列腺外侵犯及精囊受累）和pN1（局部淋巴结受累）疾病相关，但按种族分层后这些关联仅在AA受试者中显著。IPPL在单变量与多变量分析中均与原发性治疗后生化复发及转移发生相关，且在AA个体中尤为明确。公共数据集及研究人员对尸检标本的IHC分析均显示，转移性疾病的p27基因组改变患病率高于原发性前列腺癌。综上，导致完全p27蛋白缺失的CDKN1B亚克隆双等位基因丢失是原发性前列腺癌中最常发生的双等位肿瘤抑制基因组改变之一，可能促成更差的前列腺癌预后（尤其AA个体）。研究发现支持进一步探索p27缺失IHC作为预后生物标志物的临床效用。
研究背景方面，自我认同为黑人或非裔美国人（AA）个体被诊断为晚期前列腺癌的概率更高，死亡风险约为白人/欧裔美国人（EA）个体的2.5倍。既往大型外显子组研究（如TCGA）多以EA队列为主，而聚焦AA队列的研究揭示ERG重排、PTEN丢失、TP53突变等在AA与EA前列腺癌中频率差异显著；与此同时，SPOP、ERF、ZMYM3、FOXA1及GSTP1等改变在AA中更常见。CDKN1B（编码p27）属非典型肿瘤抑制基因，传统认为其双等位失活在人类癌症中罕见（<3%），但p27表达下调与多种癌预后不良相关。在前列腺癌中，p27核表达降低见于高级别前列腺上皮内瘤变及多数侵袭性原发腺癌，并与高分级、生化复发（BCR）相关；转移性疾病中CDKN1B纯合缺失/杂合性丢失可高达40%–44%，但原发癌中EA群体纯合丢失仅估为1%–2%，AA群体深部缺失既往报为6.3%。由于常规批量测序难以捕捉肿瘤内亚克隆局灶事件，研究人员推测CDKN1B亚克隆双等位丢失的真实患病率被低估，且其种族差异与预后意义尚未阐明。本文发表于《Modern Pathology》，旨在以空间分辨表型结合靶向测序重新评估该事件。
关键技术方法上，研究人员构建412例根治性前列腺切除FFPE大体组织切片队列（AA 210例、EA 197例、其他5例），以p27 IHC（Ventana平台，BD克隆57/Kip1）筛查肿瘤内完全p27蛋白缺失（IPPL），并以CDKN1B RNAscope原位杂交（RISH）验证mRNA水平丢失；对7例含IPPL标本行激光捕获显微切割（LCM）分选良性、p27+癌区、p27-癌区，提取核酸后采用覆盖998个癌症相关基因的NGS固体瘤面板（Johns Hopkins分子诊断实验室）检测点突变、小插入缺失及拷贝数变异（CNV）；同时利用cBioPortal汇总多队列（含MSK种族差异集与TCGA）评估CDKN1B改变频率；统计采用卡方/Fisher精确检验与Cox比例风险回归（按种族分层并检验交互项）。
研究结果部分，首先“Identification of Subclonal Complete Loss of CDKN1B in Primary Prostate Cancer”中，研究人员在TMA构建时观察到原发癌大结节内嵌局灶p27-腺体，邻区p27+且间质非癌细胞p27+构成内对照，RISH显示mRNA共缺失，确认IPPL为真实生物学事件。“Confirmation of Genomic Loss of p27”中，LCM-NGS在7例p27-区检出CDKN1B体细胞突变、基因组缺失或二者兼具，部分p27+区已存在单等位丢失，证明逐步失活；cBioPortal突变棒糖图示约半数突变位于细胞周期抑制区且多为截断突变。“Prevalence of IPPL by Race and Pathologic Factors”中，412例大体切片IPPL总患病率15.3%（AA 18.1% vs EA 12.2%，未达显著），但AA占IPPL标本61.3%；IPPL与≥pT3和/或pN1显著相关（p=0.01），按种族分层后该关联及pN1关联仅在AA中显著（p=0.01及p=0.02）；同批组织转TMA后IPPL检出率由15.8%降至2.9%，印证亚克隆局灶事件在抽样中易遗漏。“IPPL Is Not Correlated With Other Common Genomic Alterations”显示IPPL与PTEN丢失、ERG阳性、TP53突变无显著相关。“IPPL Is Correlated With Adverse Outcomes in AA Individuals”中，Cox模型示全队列未调HR=1.85（p=0.05），分层后EA无关联，AA未调HR=5.59（p=0.0001），调龄/分期/分级后HR=3.05（p=0.03）或HR=3.71（p=0.02）；转移方面全队列未调HR=3.15（p=0.02），AA未调HR=19.01（p=0.01），调协后不显著但交互项p=0.04。“p27 Protein Loss in Metastatic Prostate Cancer”中，cBioPortal示转移样本CDKN1B改变率为原发两倍以上且AA转移深部缺失高于EA；尸检转移TMA（2 AA、4 EA）6例中4例检出p27-，AA两例均阳性，且转移灶内可全细胞p27-，不同于原发亚克隆局灶模式。
讨论部分，研究人员强调IPPL（即CDKN1B双等位体细胞突变/缺失致完全p27蛋白缺失）在AA原发前列腺癌近1/5存在，是将p27推入AA群体最常见肿瘤抑制基因改变之列；与TP53、PTEN等在AA原发癌偏低不同，CDKN1B亚克隆丢失在AA更高且与外扩分期、淋巴结阳性、BCR及转移相关，提示其或为非裔预后劣势的未被认识的驱动事件之一。原发癌IPPL多为亚克隆逐步丢失（邻区p27+常伴单拷贝丢失），转移灶则可克隆性全失，且转移间存在p27+/p27-异质性，批量测序与单点采样会低估频率；转移p27缺失除基因组机制外不排除表观沉默或转录后调控。局限包括LCM仍混有基质、结局事件数有限、自报种族未配非洲祖源比例。研究人员未断言炎症协同机制，仅提及其为可能方向。结论译文：总体而言，本研究揭示IPPL是迄今已知肿瘤抑制基因中发生于原发性前列腺癌最常见的基因组改变之一，也是少数特异性在AA个体中促成更差前列腺癌预后的已知改变之一；p27缺失IHC有望类比PTEN IHC进入预后生物标志物开发，并可供ctDNA液体活检面板整合以指导后续治疗。
