针对起始密码子的标记技术揭示了印度喀拉拉邦薯蓣属植物的遗传特征与种群结构

《Tropical Plant Biology》：Start Codon Targeted (SCoT) Markers Unraveled the Genetic Landscape and Population Structure of Dioscorea bulbifera L. Accessions from Kerala, India

　　

摘要

先进的分子研究主要集中在基因靶向标记系统上。其中，SCoT标记因其高重复性、高特异性、成本效益高以及易于使用等优势，在植物基因组研究中受到了更多关注。D. bulbifera，即空气薯，是一种重要的块茎作物，兼具食用和药用价值。本研究旨在利用SCoT标记，分析印度喀拉拉邦不同农业生态区内的D. bulbifera样本的遗传差异及群体结构。19对多态性引物共检测出145条带，其中80.88%的等位基因具有多态性。用于判断多样性的指标包括多态性信息含量（0.370–0.439）、预期杂合度（0.334-0.500）以及区分能力（0.381–0.890），这些数据表明所收集样本具有较高的有效性以及中等到较高的多态性水平。Nei’s基因多样性指数（0.20）和Shannon信息指数（0.32）也显示出显著的遗传变异程度。基于未加权邻接法的聚类分析结果与这些多样性指标一致，将样本分为三个主要群组。聚类分析中样本的归属与它们的地理位置无关。分子方差分析显示，61%的变异发生在群体内部，而39%的变异存在于不同群体之间。基于贝叶斯模型的STRUCTURE分析将33个样本分为两个子群体，并区分出了地方品种与森林边缘地区的样本。这些研究结果为利用SCoT标记区分不同样本并阐明D. bulbifera的遗传多样性提供了重要依据。