有丝基因组研究揭示了特有物种Dawkinsia austellus与Dawkinsia lepida（鲤科：Smiliogastrinae亚科）的进化关系

《Scientific Reports》：Mitogenomic insights into the evolutionary relationships of the endemic Dawkinsia austellus and Dawkinsia lepida (Cyprinidae: Smiliogastrinae)

　　

摘要

Dawkinsia属为小型至中型的辐鳍淡水鲤科鱼类，通常被称为鲃鱼。这类鱼类仅分布于印度南部的河流中。在本研究中，我们对该属中的两个物种——Dawkinsia austellus和Dawkinsia lepida进行了基因测序，以探究它们的系统发育关系，并确定其在Smiliogastrinae亚科中的分类地位。D. austellus和D. lepida的线粒体基因组分别为16,568 bp和16,571 bp长。这两个基因组都包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA以及一个控制区域。D. austellus和D. lepida的碱基序列中AT碱基比例较高，且存在反G偏好现象。除了COX1和NAD6之外，所有的蛋白质编码基因都是以ATN密码子开始编码的。在D. austellus中，COX1和NAD6都是以GTG密码子开始，而在D. lepida中，只有COX1以GTG开头，其余12个蛋白质编码基因则都是以ATN密码子开始。所有的蛋白质编码基因都以典型的终止密码子TAA结束，不过COX2、NAD2、NAD3、ATP6、NAD4和COX3的终止密码子并不完整。大多数基因的Ka/Ks值小于1，不过COX3、NAD4L、NAD5和Cytb除外。值得注意的是，在保守序列中存在核苷酸序列变异，这些变异表现为多个富含AT的串联重复序列以及D环中的长型(TA)n样微卫星区域。基于17种Dawkinsia物种的COX1基因以及47种Smiliogastrinae亚科物种的13个蛋白质编码基因进行的系统发育分析表明，D. austellus和D. lepida亲缘关系密切，属于Dawkinsia属内的姐妹群。总体而言，这项研究首次对D. austellus和D. lepida的线粒体基因组进行了详细分析，强调了全基因组研究在揭示适应性进化及系统地理学动态方面的作用，从而为淡水鲤科鱼类的保护和管理提供依据。