《International Journal of Molecular Sciences》：RFX3 Pathogenic Variants as a Rare Cause of Infantile Epileptic Spasms Syndrome
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调节因子X3（RFX3—OMIM#601337）编码一种转录因子，在人脑中高表达，尤其在神经发育过程中。此前已将其与神经发育障碍（包括自闭症谱系障碍（ASD）、智力发育障碍和注意缺陷/多动障碍）相关联。然而，其神经和癫痫特征仍未被充分描述，且目前OMIM中尚未
调节因子X3（RFX3—OMIM#601337）编码一种转录因子，在人脑中高表达，尤其在神经发育过程中。此前已将其与神经发育障碍（包括自闭症谱系障碍（ASD）、智力发育障碍和注意缺陷/多动障碍）相关联。然而，其神经和癫痫特征仍未被充分描述，且目前OMIM中尚未正式注释任何表型。在此，研究人员报告了第二例与RFX3变异相关的婴儿癫痫性痉挛综合征（IESS）病例。该患者出现成簇的伸肌痉挛伴眼球偏斜，经氨己烯酸和促肾上腺皮质激素（ACTH）治疗后两周内完全缓解，此后未再发作。随访期间，患者表现为全面发育迟缓、ASD和面部畸形。通过阵列比较基因组杂交（aCGH）进行的遗传分析鉴定出一个位于9p24.2、约147 kb的de novo杂合微缺失，涉及RFX3（NM_134428）的初始外显子。该病例扩展了与RFX3变异相关的临床谱系，支持其在IESS和早期神经发育紊乱中的潜在作用，并强调了将RFX3纳入IESS合并神经发育障碍患者遗传评估中的重要性。
**论文解读**
**研究背景与问题**
调节因子X3（RFX3）是一种转录因子，属于调节因子X（RFX）家族，通过识别顺式调控区域中的X-box基序调控基因表达。RFX3在发育和成人脑组织中高表达，尤其在神经发育早期，参与纤毛发生和皮层模式形成。此前研究已报道RFX3功能丧失变异与自闭症谱系障碍（ASD）、智力发育障碍（IDD）、注意缺陷/多动障碍（ADHD）及行为异常（如感觉过敏、情绪失调）相关，但癫痫表型描述不足——仅17%的携带者报告有癫痫发作，且缺乏发作类型、脑电图及治疗细节。直到2023年，Torio等人首次报道了一例RFX3致病变异导致的婴儿癫痫性痉挛综合征（IESS）病例。IESS是一种发育性癫痫性脑病（DEE），发生在脑发育的关键窗口期，由多种遗传、结构、代谢和获得性因素共同导致异常网络成熟和神经元过度兴奋。然而，RFX3与IESS的关联证据仍极为有限，仅有一例报道。因此，本研究旨在通过报告第二例由de novo 9p24.2微缺失（涉及RFX3）引起的IESS病例，进一步扩展RFX3相关神经发育障碍的临床和表型特征。
**研究内容与结论**
研究人员报告了一名3岁男性患儿，因7月龄出现成簇性伸肌痉挛伴眼球偏斜就诊，脑电图显示高度失律，诊断为IESS。经氨己烯酸（120 mg/kg/天）治疗后部分缓解，随后因痉挛加重，使用促肾上腺皮质激素（ACTH）储库疗法，2周内痉挛消失且脑电图恢复正常，随访至3岁未再发作。患儿存在全面发育迟缓（Griffiths量表总商77）、ASD（ADOS-2评分16）、面部畸形（长脸、宽额、扁平鼻梁、眼距过宽、内眦赘皮）及轻度轴性肌张力低下。遗传学分析：癫痫靶向NGS panel未检出致病性单核苷酸变异；而CGH-array（Illumina CytoSNP-850K阵列）在患儿中鉴定出位于9p24.2、约147 kb的de novo杂合微缺失（chr9:3389223-3536260），涉及RFX3（NM_134428）的外显子1和2，双亲均未携带，依据ACMG标准归类为可能致病（单倍剂量不足区域）。此外，研究人员利用公共RNA测序数据集GSE186334（包含颞叶内侧癫痫（mTLE）患者海马和皮层样本及死后对照）分析RFX3表达，发现RFX3在成人癫痫脑组织中表达无显著差异，但该结果不能排除种系缺失在早期神经发育中的致病作用。该研究意义在于：证实RFX3单倍剂量不足是IESS的罕见遗传病因，扩展了RFX3相关表型谱，支持将RFX3纳入IESS合并神经发育障碍患者的遗传评估。论文发表在《International Journal of Molecular Sciences》。
**主要关键技术方法**
1. **阵列比较基因组杂交（array-CGH）**：采用Illumina CytoSNP-850K阵列对先证者及父母进行三人组分析，平均分辨率约100 kb，鉴定拷贝数变异（CNV），并用Agilent 4×180K CGH阵列验证。
2. **靶向下一代测序（NGS）**：使用ClinEx Pro试剂盒在Illumina NovaSeq 6000平台进行三人组测序，分析26个癫痫相关基因（包括KCNQ2、SCN2A、SCN1A、STXBP1等）的编码区和外显子-内含子边界（±5 bp），平均覆盖深度245×。
3. **转录组差异表达分析**：基于公共数据集GSE186334（含mTLE患者海马/皮层样本及死后对照），分别对细胞质和核RNA组分使用DESeq2进行差异表达分析，评估RFX3在成人癫痫脑组织中的表达水平。
（样本队列来源：患者为单一个案，转录组分析数据来自GEO数据库中的GSE186334数据集，包含mTLE患者（有或无海马硬化）及死后对照样本。）
**研究结果**
**2.1 病例报告**
通过临床评估和脑电图监测，确诊一名7月龄男性患儿为IESS，表现为成簇伸肌痉挛伴眼球偏斜，脑电图见高度失律。经氨己烯酸和ACTH治疗，2周内痉挛和脑电图异常完全缓解，随访至3岁无复发。发育评估显示全面发育迟缓（Griffiths总商77），后确诊ASD（ADOS-2评分16），并存在面部畸形和轻度肌张力低下。
**2.2 遗传学分析**
通过CGH-array三人组分析，鉴定出先证者携带位于9p24.2的de novo杂合微缺失（约147 kb），涉及RFX3外显子1-2，双亲均未携带。依据ACMG标准，该CNV因重叠单倍剂量不足区域而被归类为可能致病。靶向NGS panel未检出其他致病性变异。
**2.3 对GSE186334数据集中RFX3表达的探索性分析**
利用公共RNA测序数据集GSE186334，分析颞叶内侧癫痫（mTLE）患者海马和皮层组织与死后对照的RFX3表达差异（分别处理细胞质和核RNA组分）。未发现mTLE非海马硬化（non-HS）样本与对照间在海马细胞质或核组分中存在显著差异，皮层样本中（mTLE non-HS或mTLE+HS与对照比较）亦无显著差异。表明在成人慢性癫痫相关病理中，RFX3转录本丰度保持不变。
**讨论与结论**
讨论部分指出，本病例与既往报道的RFX3相关神经发育障碍表型（ASD、发育迟缓、ADHD、行为失调、面部畸形、肌张力低下）高度重叠，且与Torio等人此前报道的IESS病例均对ACTH治疗反应良好，提示RFX3单倍剂量不足可能导致早期神经元过度兴奋和IESS易感性。通过分析DECIPHER数据库、pHaplo评分（1.00）、pLI（1.00）和LOEUF（0.21）等约束指标，支持RFX3为缺失区间内最可能的致病基因，且缺失涉及关键转录起始区，导致功能丧失。脑表达数据（BrainRNAseq和BrainSpan）显示RFX3在胎儿星形胶质细胞和发育期脑组织中高表达，提示其在早期神经发育和皮质成熟中起关键作用。Rfx3缺陷小鼠模型显示神经元迁移受损、胼胝体异常及纤毛依赖性信号失调，进一步支持RFX3缺失破坏兴奋-抑制平衡，导致癫痫易感性。研究局限性包括：缺乏全外显子或全基因组测序以排除其他修饰变异，以及缺乏患者来源样本的功能验证。但基于现有证据，de novo微缺失仍是最合理的致病解释。
**研究结论**：研究人员报告了第二例与RFX3变异相关的IESS病例，进一步提供了临床证据支持RFX3单倍剂量不足在早期发作性发育性癫痫性脑病（DEE）中的作用，并扩展了RFX3相关疾病的表型谱。两例IESS病例均对ACTH反应良好且持续无发作，提示可能预后良好，但需更多证据。早期识别ASD特征对及时干预至关重要。总体而言，这些发现支持将RFX3纳入IESS合并神经发育障碍患者的遗传评估，并强调需进一步研究阐明其在癫痫发生中的作用。
