对印度泰米尔纳德邦北阿科特地区部落、农村和城市人口中的16S rRNA基因扩增子进行测序，揭示了与生活方式相关的肠道微生物组差异

《BMC Microbiology》：16S rRNA gene amplicon sequencing reveals lifestyle-associated gut microbiome variation among tribal, rural, and urban populations from North Arcot regions of Tamil Nadu, India

　　

摘要

背景

人体肠道微生物群不仅有助于维持新陈代谢和免疫功能，还会影响对各种疾病的易感性。生活方式、饮食和环境的变化是影响肠道微生物种类和功能的主要因素。尽管人们对微生物组研究越来越感兴趣，但目前针对印度部落、农村和城市人群的微生物组比较研究仍然很少，尤其是在其潜在的药理和治疗价值方面。本研究旨在调查印度泰米尔纳德邦三种不同人群——部落（穆卢瓦迪）、农村（奥杜加图尔）和城市（韦洛尔）的肠道微生物群特征、多样性以及推断出的功能能力，以期发现具有药理意义的微生物群特征。

方法

共分析了75份粪便样本（穆卢瓦迪部落25份，韦洛尔城市25份，奥杜加图尔农村25份；年龄在20至60岁之间），采用16S rRNA基因测序技术（Illumina MiSeq的V3-V4区域）进行检测。序列数据通过QIIME2和DADA2软件处理，分类则参考SILVA 138数据库完成。微生物多样性通过Chao1、Shannon、Simpson和Fisher指数来评估，而β多样性则通过BrayCurtis相似度系数和主坐标分析来判定。微生物群的功能特征则通过PICRUSt2软件预测，并与KEGG代谢途径相对应。

结果

我们发现这三类人群的微生物多样性存在明显差异，体现在物种丰富度和群落均匀性两个方面。各组中主要的细菌门类为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门。在这项研究中，部落人群的微生物组表现出与纤维降解及潜在短链脂肪酸生成相关的特征，这可能与以Prevotella/Segatella为主的微生物种类有关。对这三类人群微生物组的功能预测显示，部落人群的微生物组中碳水化合物和氨基酸代谢途径较为丰富，而城市人群的微生物组则以膜转运和外源物质代谢途径为主。

结论

总之，本研究揭示了生活方式对泰米尔纳德邦部落、农村和城市人群肠道微生物组成及代谢潜能的影响。部落人群的微生物组中与纤维相关的菌属更为丰富，且存在与短链脂肪酸生成相关的代谢途径。这些研究结果仅为初步探索，还需通过个体水平采样和功能分析进一步验证。