通过长读长测序技术全面检测血红蛋白病变异体

《Human Genomics》：The comprehensive detection of hemoglobinopathy variants via long-read sequencing

　　

摘要

背景

血红蛋白基因的遗传复杂性，表现为高GC含量和同源序列，给临床环境中检测血红蛋白变异带来了巨大挑战。

方法

研究人员利用新型CycloneSEQ纳米孔测序平台，开发出一种长读长索引PCR方法，可用于检测各类变异，包括HBA、HBB、HBD和HBG基因中的单核苷酸变异（SNVs）、缺失、结构变异（SVs）。该方法通过507份临床样本进行验证，以评估其性能。

结果

该长读长索引PCR系统使用了13对针对血红蛋白基因簇的引物。借此可检测到37种类型的HBA基因缺失、5种SV（3种多拷贝型^{αααα、αααanti3.7、αααanti4.2）以及2种融合等位基因HKαα和anti-HKαα）、37种HBB基因缺失，以及目标区域内的所有SNVs。在507份样本中的验证显示，该方法的灵敏度和特异性均为100.0%。此外，长读长测序还能确定血红蛋白基因内变异的相位，为临床解读提供重要依据。}

结论

长读长索引PCR方法结合CycloneSEQ纳米孔测序平台，被证明是检测血红蛋白病变异的一种高效且可靠的方案。索引引物与条形码技术的应用提升了方法的扩展性，使其非常适合未来大规模人群筛查项目。