综述：基于GBSA和相互作用熵的计算丙氨酸扫描：蛋白质-蛋白质及蛋白质-配体结合中方法学与应用综述（开放获取）

《Chemical Science》：Computational Alanine Scanning with GBSA and Interaction Entropy: A Review of Methodologies and Applications in Protein-Protein and Protein-Ligand BindingOpen Access

　　计算丙氨酸扫描（CAS）已成为一种强大的在计算机中识别蛋白质-蛋白质和蛋白质-配体复合物中结合热斑点的策略，弥补了实验丙氨酸扫描变异的局限性。本综述全面概述了CAS方法，特别关注GBSA（分子力学/广义Born表面积）与相互作用熵（IE）方法的整合。传统CAS方法因系统性忽略熵贡献，或通过简正模式分析进行计算成本过高的熵计算而受到限制。IE方法仅利用分子间相互作用能的波动，即可从单条分子动力学轨迹中高效且严格地计算熵，从而克服了这一瓶颈。我们阐述了ASGBIE（结合广义Born和相互作用熵的丙氨酸扫描）框架的理论基础，该框架将GBSA与IE相结合，以准确计算残基特异性结合自由能。该方法论在蛋白质-蛋白质系统和蛋白质-配体系统中均进行了系统描述，包括残基类型特异性介电常数和单轨迹近似等实用考量。我们调研了在具有生物学和药理学相关性的多样系统中的应用，包括p53/MDM2复合物、PD-1/PD-L1免疫检查点、SARS-CoV-2变异体对单克隆抗体的逃逸、尼帕病毒抗体的协同作用，以及激酶抑制剂的耐药机制。这些案例研究证明了ASGBIE在具有生物学和制药相关性的多样蛋白质结合系统中的实用价值。此内容仅可通过PDF获取。? 2026 作者。由英国皇家化学会出版本文章依据《知识共享署名-非商业性使用 4.0 国际许可协议》授权发布。您可以在其他出版物中使用本文材料，而无需再向RSC请求许可，但需给出正确的致谢且不得用于商业用途。