摘要
神经母细胞瘤（NB）是一种常见的儿科肿瘤，具有显著的临床异质性和较大的预后变异性。然而，目前仍缺乏有效的预后工具。研究发现，肿瘤微环境（TME）中髓系细胞的分化对神经母细胞瘤的肿瘤进展和免疫调节具有深远影响。但 NB 与髓系细胞分化相关基因（MCDRGs）之间的相关性尚不清楚。本研究整合了常规和单细胞 RNA 测序数据，以鉴定与髓系细胞分化相关的关键预后基因，构建并验证风险预测模型，并深入研究这些基因调节 TME 和影响 NB 预后的分子机制。利用生物信息学方法，我们从公共数据库中检索了与 NB 相关的转录组数据，鉴定了差异表达的髓系细胞分化相关基因（MCDRGs），并使用 Cox 回归和机器学习算法构建了预后风险模型。在高风险组（HRG）和低风险组（LRG）之间进行了功能富集分析、TME 特征分析、免疫检查点谱分析、药物敏感性分析和体细胞突变分析。单细胞 RNA 测序数据用于剖析预后基因的特异性细胞类型表达模式，并通过逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）进一步进行了实验验证。从 187 个候选基因中鉴定出五个关键预后基因（FAXDC2、GP1BB、TRIB1、ETV2 和 H4C12），并构建了稳健的风险预测模型。观察到 HRG 和 LRG 在 TME 评分、免疫细胞浸润和免疫检查点表达方面存在显著差异。核糖体生物合成和细胞周期相关通路在 HRG 中富集，HRG 显示出对恩替诺司他和萨普替尼更高的敏感性。单细胞分析进一步突出了成纤维细胞和髓系细胞作为预后基因表现出动态表达模式的关键细胞亚群。RT-qPCR 进一步验证了这些基因表达趋势。基于 MCDRGs 的预后模型能有效预测 NB 患者的生存结果。该模型系统揭示了 MCDRGs 通过调节 TME、细胞 - 细胞相互作用和治疗反应影响预后的综合机制。这些发现为 NB 的精确风险分层和个体化治疗策略提供了新的理论依据和潜在靶点。
图文摘要
本图文摘要说明了整合常规 RNA-seq 和 scRNA-seq 以鉴定神经母细胞瘤中 MCDRG 相关预后基因的过程。工作流程强调了基因筛选、Cox-LASSO 建模、风险分层、外部验证、肿瘤微环境分析、关键细胞定位、细胞 - 细胞通讯、拟时序分析和 RT-qPCR 验证。
披露
作者无需要报告的事项。
利益冲突
作者声明无利益冲突。
数据可用性声明
当前研究期间生成和分析的数据集可在 [TCGA 数据库] 仓库 [http://cancergenome.nih.gov/]、[GEO] 仓库 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/] 和 [MSigDB] 仓库 [https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/] 中获取。
