《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》：Employing Metagenomics Capture targeted next-generation sequencing for the etiological diagnosis of bloodstream infections
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背景：血流感染（BSI）是重大公共卫生问题。宏基因组捕获靶向二代测序（Metagenomics Capture targeted next-generation sequencing，MetaCAP? tNGS）作为新兴病原检测技术已在多种感染性疾病中展现良好
背景：血流感染（BSI）是重大公共卫生问题。宏基因组捕获靶向二代测序（Metagenomics Capture targeted next-generation sequencing，MetaCAP? tNGS）作为新兴病原检测技术已在多种感染性疾病中展现良好效能，但其在BSI病原学诊断中的价值研究有限。方法：研究人员对2024年暨南大学附属广东省第二人民医院疑似BSI患者开展回顾性分析，所有患者同时接受血培养与MetaCAP? tNGS检测并对比结果。结果：MetaCAP? tNGS出结果时间更短（1.33天对2.73天，p<0.001），检出病原谱更广，阳性检出率与灵敏度均高于血培养。结论：MetaCAP? tNGS在周转时间、检测广度与灵敏度上具方法学优势，是BSI病原识别的有前景工具，支持其在临床微生物实践中的潜在应用。
研究背景与立项依据
血流感染（Bloodstream infections，BSI）住院患者常见，可进展为脓毒症，年发病率约150/10万，30天粗死亡率17%。传统血培养（blood culture）为病原诊断基石，但存在灵敏度欠佳、阳性率低、获得最终药敏报告常需48小时以上的局限；PCR法敏感度与特异度不稳定；宏基因组二代测序（mNGS）虽广覆盖但血清样本阳性率低且成本高。面对耐药菌上升与混合感染漏检现实，研究人员亟需更敏感、快速、经济的手段，故在暨南大学附属广东省第二人民医院开展MetaCAP?靶向二代测序（tNGS）对比血培养的诊断性能评价。
主要技术方法与队列
研究人员纳入2024年全年该院151例成年疑似BSI患者（排除<18岁、数据不全、血培养污染者），限24小时内同次采血并行血培养与MetaCAP? tNGS。血培养采用BD-BACTE-CFX200仪双瓶双套；MetaCAP? tNGS取3 mL血离心取300 μL血浆，MasterPure?提取DNA/RNA，去宿主后建库，MetaCAP?探针杂交捕获超3000种病原（1060细菌、1402病毒、388真菌、210寄生虫及50余耐药基因），Illumina MiniSeq单端100 bp测序（约100万读数/样）。以出院时专家小组综合临床、影像、微生物与转归判定的最终诊断为参考标准，计算灵敏度、特异度、PPV、NPV与ROC-AUC，统计用SPSS 29.0。
研究结果
临床特征：151例中男96例（63.58%）。MetaCAP?阳性77例、血培养阳性29例。MetaCAP?出结果中位1.33天，血培养2.73天（p<0.001）。MetaCAP?阳性者降钙素原（PCT）更高、血小板更低、置管率更高、住院更长；MetaCAP?阳性组死亡6例（7.79%）低于阴性组19例（25.68%，p=0.003），而血培养阴阳组死亡率差无统计意义。多因素logistic回归中MetaCAP?阳性非死亡独立预测因子（adj OR=0.748，p=0.693）。
检测率比较：含病毒等全病原时MetaCAP?总阳性129/151（85.43%）vs血培养29/151（19.21%，p<0.001）；仅细菌+真菌时MetaCAP? 77/151（50.99%）vs血培养29/151（19.21%，p<0.001）。MetaCAP?另检出支原体、衣原体、立克次体、寄生虫及混合感染（如细菌+病毒53例、单纯病毒47例）。
诊断性能：以最终临床诊断为标准，MetaCAP?（细菌+真菌）灵敏度68.13%、特异度71.66%、PPV 78.48%、NPV 59.72%、AUC 0.699；血培养灵敏度29.67%、特异度96.67%、PPV 93.10%、NPV 47.54%、AUC 0.632。MetaCAP?灵敏度显著更高（p<0.006），特异度低于血培养（p=0.366）。
病原分布：MetaCAP?覆盖细菌+病毒、单纯病毒、细菌+真菌+病毒及稀有病原；血培养仅获细菌（86.2%）、真菌（6.9%）、细菌+真菌（6.9%），无法报病毒/非典型病原。
讨论浓缩
研究人员指出MetaCAP? tNGS将周转时间压缩约一半，利于早期降阶梯治疗；可一并发现病毒、真菌、立克次体等混合感染，弥补血培养对非培养病原的盲区。本研究局限为单中心、样本量偏小、缺SOFA/APACHE II评分与并发症指数校正、部分亚组（真菌、混合感染）例数少，且将全部病原阳性合并分析可能掩盖病原特异性死亡风险。未来需多中心大队列验证。
结论翻译
该技术在周转时间、检测广度与灵敏度上相对传统血培养具方法学优势，是BSI病原识别的有前景候选工具；随MetaCAP?流程简化与成本下降，有望作为临床微生物实践中有价值的补充手段。论文发表于《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》。
