通过计算机模拟方法探索 FOXE1 的遗传变异性：关于 UTR 变体的新见解

《BMC Genomic Data》：Exploring genetic variability in FOXE1 through in silico approaches: new insights on UTR variants

　　

摘要

FOXE1 基因是一种对甲状腺发育和功能至关重要的转录因子，并且已被发现与甲状腺疾病以及其他表型特征（如癌症和口面裂）有关。本研究探索FOXE1 中的遗传变异性，重点关注非同义单核苷酸变异（nsSNVs）和非翻译区（UTR）变异，采用计算机模拟方法评估其功能和结构影响。从基因组浏览器中检索了总共 1,003 个变异，包括 306 个 nsSNVs 和 508 个 UTR 变异。使用变异效应预测器（Variant Effect Predictor）和另外八个预测工具进行分析后，确定了 37 个高风险变异。其中，23 个变异导致较小的突变氨基酸，13 个导致较大的替换，1 个没有大小相关的变化。结构预测显示，几个变异的疏水性和扭转角发生了改变，表明有显著的功能后果。在 32 个高风险变异中观察到稳定性降低，表明可能破坏蛋白质功能。此外，预测 UTR 变异 rs41274262 和 rs7043516 会略微增加调节活性。频率分析表明，这些变异在不同人群中的流行率存在相当大的变异性，一些 UTR 变异在非洲和东亚人群中的频率较高。此外，注意到特定变异与临床表型有关，包括甲状腺发育不全、先天性甲状腺功能减退症和口面裂。保守性分析显示，几个 UTR 变异在物种间高度保守，表明它们在人类中可能具有潜在的功能作用。本研究提供了关于FOXE1 基因遗传变异在结构、功能和调节方面的影响的全面见解，及其与人类健康的相关性。