《Epidemiologia》：Using Phenotypic, Biochemical, and Molecular Methods to Identify Candida Species Isolated in a Tertiary Hospital in Mexico
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背景/目标：念珠菌属（Candida species）是真菌感染的主要原因之一，尤其在免疫抑制患者中。近年来，非白念珠菌（non-albicans）物种的增加改变了流行病学格局，需要更新的局部监测数据。因此，本研究旨在分析参与各种临床表现的念珠菌属（Candi
背景/目标：念珠菌属（Candida species）是真菌感染的主要原因之一，尤其在免疫抑制患者中。近年来，非白念珠菌（non-albicans）物种的增加改变了流行病学格局，需要更新的局部监测数据。因此，本研究旨在分析参与各种临床表现的念珠菌属（Candida spp.）的流行病学模式。方法：这是一项回顾性观察描述性研究，针对2021年至2022年间在墨西哥普埃布拉一家单一三级护理医院的患者中回收的临床念珠菌（Candida）分离株。研究人员从医疗记录中收集了社会人口学和临床数据。念珠菌属（Candida spp.）分离株从医院的临床标本库中回收，并使用常规方法和系统发育分析（phylogenetic analysis）进行鉴定。结果：研究期间从总共88例患者中回收了90个分离株。大多数患者为女性（60.2%），在年龄组中，最大比例对应于老年人（≥60岁，25%）。念珠菌（Candida）最常从泌尿道（47.7%）分离，其次是呼吸道（19.3%）和外阴阴道道（14.7%）。白念珠菌（Candida albicans）是主要物种（51.1%），其次是光滑纳克酵母菌（Nakaseomyces glabratus，32.2%）和其他物种，如库德里阿兹威氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii，5.5%）、热带念珠菌（Candida tropicalis，3.3%）、杜氏念珠菌（Candida dubliniensis，3.3%）、近平滑念珠菌（Candida parapsilosis，2.2%）和正平滑念珠菌（Candida orthopsilosis，1.1%）。研究显示常规鉴定方法与分子分析之间存在差异。在通过培养方法评估的33个分离株中，只有21个与PCR（聚合酶链反应）和系统发育分析的鉴定结果相匹配。对于BD Phoenix自动化系统，记录了20个匹配和13个与分子测试的差异。结论：研究人员的发现揭示了在特定临床背景下属于非白念珠菌（non-albicans）家族的物种的显著存在，突显了监测流行病学概况的迫切需求。观察到的表型（phenotypic）与分子鉴定方法之间的差异表明，仅基于表型方法的物种鉴定应谨慎解释。
**研究背景、问题与目的**
念珠菌属（Candida species）是引起真菌感染的主要病原体之一，尤其在免疫抑制患者中，可导致皮肤、黏膜、深部组织及内脏器官感染。近年来，非白念珠菌（non-albicans Candida species）分离率的上升改变了流行病学格局，不同地理区域和临床背景下物种分布存在显著差异。尽管白念珠菌（Candida albicans）仍是全球最常见的感染物种，但光滑纳克酵母菌（Nakaseomyces glabratus，原名光滑念珠菌）、库德里阿兹威氏毕赤酵母（Pichia kudriavzevii，原名克柔念珠菌）等物种的重要性日益增加，部分物种（如耳念珠菌Candida auris）已出现多重耐药性。世界卫生组织（WHO）已将念珠菌属列为优先真菌病原体，强调持续监测的必要性。然而，墨西哥三级医院中的流行病学数据有限，且不同鉴定方法（表型、生化、分子）的准确性存在不确定性。因此，本研究旨在分析墨西哥普埃布拉一家三级医院中念珠菌属（Candida spp.）在不同临床表现中的流行病学模式，并评估表型与分子鉴定方法的一致性。该论文发表在《Epidemiologia》。
**研究人员开展的研究与结论**
研究人员开展了一项回顾性观察描述性研究，纳入2021年至2022年间在墨西哥普埃布拉一家三级护理医院就诊的88例患者（共90个念珠菌分离株）。通过分析社会人口学数据、临床标本类型及患者病史，结合表型（CHROMagar Candida显色培养基、BD Phoenix自动化系统、芽管试验、厚壁孢子产生试验、耐热性试验）、生化及分子方法（PCR扩增CandF/CandR引物及ITS1-5.8S-ITS2区域测序和系统发育分析）进行物种鉴定。结论如下：患者中以女性（60.2%）和老年人（≥60岁，25%）为主；最常分离的样本来源为泌尿道（47.7%），其次为呼吸道（19.3%）和外阴阴道道（14.7%）；白念珠菌（C. albicans）占51.1%，非白念珠菌物种占48.9%，其中光滑纳克酵母菌（N. glabratus）为最常见的非白念珠菌物种（32.2%）；表型与分子鉴定方法之间存在显著不一致，33个经分子验证的分离株中，仅21个与培养方法一致，20个与BD Phoenix系统匹配。该研究强调了分子鉴定在准确识别念珠菌物种中的关键作用，并提示仅依赖表型方法可能导致误判。
**主要关键技术方法**
- 样本队列来源：墨西哥普埃布拉一家三级医院2021–2022年间临床标本（包括尿液、呼吸道分泌物、阴道拭子、血液、伤口等）中回收的念珠菌分离株，共88例患者90个分离株。
- 表型鉴定：使用CHROMagar Candida显色培养基和BD Phoenix M50自动化系统进行初步生化鉴定；对疑似白念珠菌进行生理学试验（人血清芽管试验、玉米粉琼脂厚壁孢子产生试验、45°C耐热性试验）。
- 分子鉴定：对33个表型鉴定结果不一致的分离株，采用PCR扩增（引物CandF/CandR）检测8种念珠菌物种；进一步对11个PCR未能明确鉴定的分离株进行ITS1-5.8S-ITS2区域扩增、双向测序及最大似然法系统发育分析（MEGA X软件，1000次Bootstrap检验），序列提交至GenBank（登录号PZ325472–PZ325482）。
**研究结果**
*3.1 患者特征*：通过回顾性病历分析，88例患者平均年龄46.3岁（范围13–89岁），女性占60.2%，老年人（≥60岁）比例最高（25%）。
*3.2 样本类型与临床表现*：
- *3.2.1 泌尿道*：47.7%的分离株来自尿液，白念珠菌（n=22）和光滑纳克酵母菌（n=15）最常见，多数患者有留置导尿管。
- *3.2.2 呼吸道*：19.3%的分离株来自呼吸道样本，白念珠菌（n=9）和光滑纳克酵母菌（n=5）为主，患者常伴有呼吸系统疾病或全身性合并症（如COVID-19、糖尿病等）。
- *3.2.3 外阴阴道念珠菌病与龟头炎*：14.7%的病例为外阴阴道念珠菌病，光滑纳克酵母菌（n=7）多于白念珠菌（n=5）；1例龟头炎由光滑纳克酵母菌引起。
- *3.2.4 侵袭性念珠菌病与念珠菌血症*：10.2%的病例为侵袭性感染，白念珠菌（n=7）为主，还有近平滑念珠菌（C. parapsilosis）和正平滑念珠菌（C. orthopsilosis）各1例；2例念珠菌血症分别由白念珠菌和近平滑念珠菌引起。
- *3.2.5 皮肤念珠菌病*：4.5%的病例来自伤口样本，白念珠菌（n=2）和光滑纳克酵母菌（n=1）为主，与手术伤口、肾造瘘管等相关。
*3.3 生化与生理学鉴定*：通过BD Phoenix和CHROMagar Candida初步鉴定出8种物种，包括白念珠菌（53.3%）、光滑纳克酵母菌（24.4%）等。
*3.4 PCR鉴定*：对33个不一致分离株进行PCR Cand检测，直接鉴定出22个（15个白念珠菌、7个光滑纳克酵母菌）。
*3.4.1 ITS区系统发育分析*：对11个未明确分离株进行ITS测序和系统发育分析，重新分类为4个光滑纳克酵母菌、2个库德里阿兹威氏毕赤酵母、3个近平滑念珠菌、1个热带念珠菌和1个正平滑念珠菌。最终鉴定显示白念珠菌51.1%、光滑纳克酵母菌32.2%、其他物种共16.7%。
**讨论与结论**
讨论部分指出，念珠菌感染/定植在老年患者中更为常见，这与年龄相关的免疫衰老、合并症（糖尿病、慢性肾病等）及医疗设备使用有关。女性患者比例较高可能与生理和激素差异相关。与墨西哥其他三级医院相比，白念珠菌仍占主导，但非白念珠菌比例（48.9%）显著，尤其是光滑纳克酵母菌在外阴阴道念珠菌病中成为主要物种，而白念珠菌在泌尿道和呼吸道中更常见。侵袭性念珠菌病（10.2%）主要发生在年轻患者（29–39岁）中，与急性临床状况（如胰腺炎、腹膜炎）相关。表型与分子方法的不一致（33个分离株中仅21个与培养匹配，20个与BD Phoenix匹配）表明，仅依赖表型鉴定可能低估物种多样性，尤其对于稀有或代谢不典型的物种。研究局限性包括单中心设计、样本量较小、选择性分子验证导致的偏倚、未进行抗真菌药敏试验及MALDI-TOF MS鉴定，且研究期间（2021–2022）与COVID-19大流行重叠。结论部分翻译：研究人员的发现显示，大多数感染患者为女性（60.2%）和老年人（≥60岁）。念珠菌最常从泌尿道（47.7%）回收，其次是呼吸道（19.3%）、外阴阴道道（14.7%）、侵袭性感染（10.2%）和皮肤感染（4.5%）。尽管白念珠菌是主要物种（51.1%），但非白念珠菌家族物种（n=44/90；48.9%）在特定临床背景中的显著存在突显了监测流行病学概况的紧迫性。本研究中观察到的多样性可能源于机构因素（如诊断方法）、临床因素（如免疫状态、侵入性设备使用或合并症）以及微生物学方面的影响。该研究鉴定了墨西哥普埃布拉一家三级医院中不同临床病史患者中念珠菌物种的多样性。系统发育分析允许对不一致的分离株进行更精确的鉴定，强调了用分子方法补充常规方法的实用性。然而，表型与分子方法之间缺乏一致性表明，关于物种分布的结果应谨慎解释。此外，这些技术的实施可能受到耗材、实验室材料和培训人员高成本的影响，阻碍了准确及时诊断的获取。对于临床实践，这些发现支持在三级医疗环境中加强真菌学监测，并在表型结果模糊时，将分子确认或其他参考方法（如MALDI-TOF质谱法）纳入常规鉴定算法。未来研究应具有多中心性，包括抗真菌药敏试验和临床结局数据，并整合WHO真菌优先病原体框架，以更好地指导本地抗真菌管理。
