SCKAR 是一种用于 scRNA-seq 数据分析的无参考方法

《Communications Biology》：SCKAR is a reference-free method for scRNA-seq data analysis

　　

摘要

单细胞 RNA 测序数据的分析通常基于通过将 reads 比对到参考转录组而估算出的基因表达矩阵来进行。然而，这种方法难以应用于缺乏参考基因组或参考基因组不完整的生物。此外，偏离参考基因组的事件仍无法被检测到。在此，我们提出了一种基于 k-mer 的无参考方法 SCKAR，用于分析单细胞 RNA 测序数据。我们评估了其在转移性肾细胞癌数据集上的性能，发现它能在很大程度上捕获差异表达基因。随后，我们分析了最近关于墨西哥钝口螈神经发生的数据集，观察到在神经发生过程中核糖体 RNA 和线粒体 RNA 的转录增加，以及一种此前与神经元发育相关的 microRNA。最后，在对先天性心脏病数据集的分析中，我们在病变心肌细胞中检测到了与心脏病相关基因中的长非编码 RNA 和内含子保留。因此，SCKAR 提供了一种无参考的方法，用于揭示不同生物系统中新颖的转录动态。