由革兰氏阴性细菌引起的血流感染（BSIs）是全球第二大死因，这主要是由于抗菌药物耐药性（AMR）的出现（Murray等人，2022年）。BSIs每年导致全球约291万人死亡，其中革兰氏阴性细菌占51.1%（Ikuta等人，2022年）。据估计，全球每年每10万人中有44.8人发生BSIs。侵袭性非伤寒型Salmonella（iNTS）的发病率因地区和年龄组而异，非洲的发病率显著高于亚洲（Marchello等人，2021年）。全球范围内，侵袭性Salmonella的负担呈上升趋势。在中国，2019年估计有521,392人死于BSIs，使其成为当年最致命的传染性疾病。在这些死亡病例中，有1,173例是由Salmonella enterica（S. enterica）引起的（Zhang等人，2024年）。多种细菌（例如Escherichia coli、Klebsiella pneumoniae、Staphylococcus aureus、S. enterica）可以通过多种途径进入血液，导致致命感染（Holmes等人，2024年）。因此，BSIs仍然是一个全球性的公共卫生问题。
由iNTS分离株引起的BSIs每年导致全球约535,000例病例和77,500人死亡（Stanaway等人，2019年）。根据世界卫生组织（WHO）的数据，Salmonella是全球食源性疾病的主要原因之一。S. Typhi（S. Typhi）和S. Paratyphi引起伤寒和副伤寒，据全球疾病负担研究估计，导致全球205,300人死亡（Ikuta等人，2022年）。以往的研究表明，2008年至2018年间，S. enterica是从社区获得性BSIs中最常分离出的细菌（Pulford等人，2020年；Marchello等人，2019年）。而在中国，根据血液细菌耐药性调查合作系统（Zheng等人，2019年）和中国抗菌药物监测网络（Hu等人，2022年）的数据，S. enterica分别位列导致BSIs的五大肠杆菌科病原体中的第四和第五位。
由于抗菌药物耐药性（特别是对氟喹诺酮类、第三代和第四代头孢菌素（3GCs和4GCs）以及碳青霉烯类），S. enterica被列入2017年和2024年世界卫生组织发布的细菌优先病原体名单（世界卫生组织，2024年；Ma等人，2024年）。抗菌药物耐药性是全球十大公共卫生威胁之一；据估计，2021年它导致了约114万人死亡，并与大约471万例死亡相关（Naghavi等人，2024年）。因此，S. enterica>作为一种重要的社区获得性和血液侵袭性感染病原体，仍然是一个严重的公共卫生威胁。
基于中国地方Salmonella监测系统中的35,382株分离株（覆盖23个省级行政区），我们之前报告了S. enterica的优势亚型的变化，以及人类和非人类分离株中抗生素耐药基因（ARGs）在基因组中的增加幅度（分别为1.8倍和2.7倍（Wang等人，2023a）。通过对来自148个国家和地区的208,000多份公开可用的S. enterica基因组进行分析，我们发现全球六个大陆上的抗菌药物耐药率都有所上升，尤其是在来自鸡、食品、野生动物和环境来源的分离株中（Wang等人，2025a）。此外，抗菌药物耐药性在不同地点、血清型和生态来源之间的分布也存在差异。
近年来，一些研究使用少量分离株（例如几十株，不超过三百株）或中国某一家医院的数据，探讨了侵袭性S. enterica的抗菌药物耐药性模式和基因组特征（Wang等人，2023a；Qiu等人，2021年；Xu等人，2020年；Zhou等人，2025年；Feng等人，2023年；Zheng等人，2025年；Wang等人，2023b）。例如，宋和中华医学会传染病学分会儿科小组合作工作组报告称，在2016-2018年间，NTS是中国儿童侵袭性S. enterica感染的主要原因（Song等人，2022年）。利用有限的BSI病例（n = 11），Bueno等人（2020年）发现，在2012-2019年间，中国浙江的一家三级医院中，12个月以下的婴儿更容易感染iNTS。为了更好地了解血液侵袭性S. enterica分离株的遗传特征和ARGs，需要加强基因组监测（Wang等人，2025a；Wang等人，2025b；Xiao和Nishijima，2024年；Argimon等人，2021年；Tanmoy等人，2022年；Walker等人，2023年；Okoro等人，2012年）。鉴于抗菌药物耐药性和Salmonella爆发的增加趋势，这一点尤为重要。然而，这两项研究并未进行全基因组测序（WGS）。
本研究旨在填补关于中国侵袭性S. enterica长期基因组流行病学的关键知识空白。利用一个包含1994年至2023年30年的被动监测数据集（共833株血流分离株，来自上海、重庆、新疆维吾尔自治区、广西壮族自治区、福建省和山西省六个代表性省级行政区），我们系统研究了主要抗菌药物耐药表型（特别是ESBL、阿奇霉素、膦霉素和氟喹诺酮类耐药性）的时间演变，以及循环血清型之间的系统发育关系。Paratype（Tanmoy等人，2022年）和GenoTyphi（Wong等人，2016年）分别用于研究S. Paratyphi A和S. Typhi的基因组多样性。同时，我们整合了来自先前研究的991个公开可用的基因组（涉及六个主要血清型）（Wang等人，2023a；Feng等人，2023年；Zheng等人，2025年；Wang等人，2023b；Tanmoy等人，2022年；Lu等人，2024年），以在“同一健康”框架下探索遗传关系。我们的发现有望为基于证据的临床决策提供信息，并确定未来综合监测计划的重点目标。我们预计，我们的观察结果将有助于合理选择治疗方案，并突出下一阶段监测整合的关键焦点。
