SLAI：一种用于过滤酶片段化 FFPE 样本中茎环结构伪影变异的新型方法

《BMC Genomics》：SLAI: a novel method for filtering stem-loop artifact variants in enzyme-fragmented FFPE samples

　　

摘要

背景

与传统基于超声破碎的 DNA 片段化相比，基于酶的 DNA 片段化具有许多优势：无需前期设备投资、处理快速高效、易于自动化等。然而，酶法片段化会在 DNA 序列中引入伪影，并使福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本的体细胞变异检测变得复杂。现有的生物信息学算法难以识别和去除这些伪影，从而导致假阳性体细胞变异。

结果

本研究引入了一种新型过滤算法，茎环伪影识别器 (SLAI)，以解决这一问题。通过理解酶法片段化过程中产生伪影读段的分子机制，SLAI 能够识别并消除与伪影相关的读段，这是酶法片段化的常见副产物，从而减少假阳性。我们使用 769 基因癌症 Panel 在两个批次样本中验证了 SLAI，一个是正常质量批次，另一个是低质量批次，证明了其提高酶法片段化样本变异准确性的能力，尤其是对于低变异等位基因频率 (VAF) 变异，其效果可与超声破碎片段化样本相媲美。

结论

SLAI 有效减少了基于酶的 DNA 片段化引入的假阳性体细胞变异，提高了变异检测的准确性，特别是在低质量 FFPE 样本中。这增强了利用基于酶的片段化方法的基因组研究的可靠性。