利用PacBio HiFi和Hi-C测序技术对斑点蛇头鱼（Channa maculata）进行染色体级别的基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of blotched snakehead (Channa maculata) using PacBio HiFi and Hi-C sequencing

　　

摘要

斑点蛇头鱼（Channa maculata）是一种具有商业价值的淡水鱼类，广泛分布于中国南部和东南亚地区。尽管之前已有雌性基因组的组装结果，但高质量的雄性参考基因组尚未获得，这限制了对于性别决定及比较基因组学的研究。在本研究中，我们利用PacBio HiFi长读长测序技术结合Hi-C支架技术，完成了雄性Channa maculata的染色体级基因组组装。最终组装的基因组大小为659.42 Mb，其中99.13%的序列被锚定在21条染色体上。该基因组具有较高的连续性（contig N50为26.26 Mb，scaffold N50为29.95 Mb）和完整性（BUSCO得分为99.5%）。共注释出23,969个蛋白质编码基因，其中97.42%为完整的BUSCO基因，97.78%的基因具有功能注释。重复序列占基因组的25.31%。这一雄性参考基因组与先前发布的雌性基因组相辅相成，为Channa maculata及其相关物种的性别决定、基因组进化及分子育种研究提供了宝贵的资源。