靶向WNT/NOTCH信号通路的种子外miRNA变异与越南女性乳腺癌风险的关联

《Egyptian Journal of Medical Human Genetics》：Association between out-seed miRNA variants targeting WNT/NOTCH signaling and breast cancer risk in Vietnamese women

　　

背景：乳腺癌易感性受调控变异影响，这些变异可能以亚型依赖方式发挥作用，然而miRNA多态性，特别是种子外区域（可调节非经典靶标配对）的变异，在越南人群中仍未得到充分探索。方法：研究人员开展了一项通路知情病例对照研究，纳入50名乳腺癌患者和50名非癌症对照，评估位于miRNA种子外区域的23个单核苷酸多态性（SNP）。这些SNP经计算机预测靶向WNT/β-catenin和NOTCH信号网络中的关键基因。SNP基因分型采用定制靶向panel二代测序（NGS）方法。使用逻辑回归分析评估与乳腺癌风险的关联，采用共显性、显性、隐性、超显性和对数相加模型，报告未调整和年龄调整的比值比（OR）及95%置信区间（CI）。结果：三个SNP显示出与乳腺癌或乳腺癌亚型的名义关联：rs10061133（hsa-miR-449b-5p；预测靶标DLL1）、rs404337（hsa-miR-8084；预测靶标NOTCH1）和rs2986407（hsa-miR-1343-5p；预测靶标CSNK1A1）。在整体分析中，rs10061133在年龄调整前与乳腺癌风险相关（显性模型OR=2.47，p=0.026；超显性模型OR=2.25，p=0.044），但该效应在年龄调整后减弱。在探索性亚型分析中，rs10061133在年龄调整后仍与HER2阳性、Ki-67阳性和HR+HER2+病例显著相关。rs404337在雌激素受体（ER）阴性、孕激素受体（PR）阴性和HER2阳性亚组中显示出超显性关联，而rs2986407仅在年龄调整后与PR阴性乳腺癌相关。结论：这些发现表明，预测调控WNT/NOTCH通路节点的miRNA种子外变异rs10061133、rs404337和rs2986407可能以亚型依赖方式影响乳腺癌易感性。然而，需要在更大人群中进行重复验证，并进行等位基因特异性miRNA-靶标相互作用的功能验证。

**论文解读：靶向WNT/NOTCH信号通路的种子外miRNA变异与越南女性乳腺癌风险的关联研究**

**研究背景与问题**

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤之一，在包括越南在内的亚洲地区发病率持续上升。乳腺癌在临床和分子层面具有高度异质性，不同激素受体（ER、PR）和HER2表型的肿瘤在生物学行为和治疗反应上差异显著。WNT/β-catenin和NOTCH信号通路在肿瘤起始、进展及治疗耐药中发挥关键作用，调控细胞命运决定、干细胞样状态、侵袭和化疗反应。MicroRNA（miRNA）作为重要的转录后调控因子，通过种子区（2-8位核苷酸）与靶mRNA结合，但近年研究揭示，种子外区域的配对（如3′补充相互作用）可显著增强并扩展靶标识别。然而，位于miRNA成熟序列种子外区域的单核苷酸多态性（SNP）在东南亚人群中的研究尚属空白，尤其是在通路指导下的病例对照研究。因此，研究人员开展此项研究，旨在评估预测靶向WNT/NOTCH通路节点的miRNA种子外SNP是否与越南女性乳腺癌风险及亚型特异性易感性相关。

**研究内容与结论**

研究人员在越南胡志明市肿瘤医院招募了50名乳腺癌患者和50名非癌症对照，基于计算机预测筛选出23个位于miRNA种子外区域、且预测靶向WNT/β-catenin或NOTCH信号通路关键基因的SNP，采用定制靶向panel二代测序（NGS）进行基因分型，并通过逻辑回归模型（共显性、显性、隐性、超显性和对数相加模型）评估与乳腺癌风险及亚型（ER、PR、HER2、Ki-67状态）的关联。结果显示，三个SNP（rs10061133、rs404337、rs2986407）表现出名义显著关联，且效应呈亚型依赖模式。该研究为miRNA种子外变异在乳腺癌易感性中的作用提供了初步证据，论文发表于《Egyptian Journal of Medical Human Genetics》。

**主要关键技术方法**

本研究采用的关键技术方法包括：①基于miRNASNP-v3数据库、miRBase和dbSNP进行计算机（in-silico）筛选，识别位于miRNA成熟序列种子外区域的SNP；②使用miRDB（评分阈值≥80）、TargetScan 8.0和RNAhybrid预测SNP对靶基因（WNT/β-catenin和NOTCH通路基因）结合的影响；③定制Ion AmpliSeq靶向panel设计，覆盖101个miRNA成熟区SNP（含本研究的23个候选位点），进行多重PCR扩增；④基于Ion S5平台的二代测序（NGS）进行基因分型，读取深度≥500×，最小覆盖深度≥20×；⑤R软件SNPassoc包进行逻辑回归分析，评估五种遗传模型下的风险关联。样本队列来源为越南胡志明市肿瘤医院招募的100名女性（50例病例，50例对照）。

**研究结果**

**rs10061133 (hsa-miR-449b-5p) 与 NOTCH配体靶标 DLL1：亚型富集信号**
在整体分析中，rs10061133在年龄调整前与乳腺癌风险显著相关（显性模型OR=2.47，p=0.026；超显性模型OR=2.25，p=0.044），但年龄调整后效应减弱。在探索性亚型分析中，该位点年龄调整后仍与HER2阳性（显性模型OR=4.41，p=0.010）、Ki-67阳性（显性模型OR=3.11，p=0.030）及HR+HER2+（超显性模型OR=5.00，p=0.007）病例显著相关，表明其效应可能富集于侵袭性亚型。

**rs404337 (hsa-miR-8084) 预测靶向 NOTCH1：信号集中于受体阴性生物学**
rs404337在超显性模型下与受体阴性亚组显著相关：年龄调整后，ER阴性（OR=5.01，p=0.020）、PR阴性（OR=4.15，p=0.040）及HER2阳性（OR=3.02，p=0.040）病例中均观察到关联，提示该变异可能通过影响NOTCH1调控，在更侵袭性表型中发挥作用。

**rs2986407 (hsa-miR-1343-5p) 预测靶向 WNT信号中的 CSNK1A1：PR阴性关联**
rs2986407在年龄调整后与PR阴性乳腺癌显著相关（超显性模型OR=5.95，p=0.023），但未调整比较不显著，且PR阴性亚组样本量小，置信区间宽，该结果需谨慎解读。预测靶标CSNK1A1（CK1α）是WNT通路的关键调控因子，为变异与受体定义肿瘤生物学提供合理联系。

**讨论与结论**

讨论部分指出，rs10061133在HR+HER2+亚组中的强关联与DLL1介导的NOTCH信号在雌激素驱动肿瘤中的生物学作用一致；rs404337在ER阴性等亚组中的信号与NOTCH1在侵袭性表型中的已知功能相符；rs2986407的PR阴性关联则提示WNT通路调控的潜在作用。研究局限性包括样本量小、病例组年龄偏大（需年龄调整）以及部分位点HWE边界值，因此结果应视为假设生成性，需在更大年龄匹配的越南队列中重复验证，并结合功能实验评估等位基因特异性miRNA-靶标相互作用。

**结论翻译**
在这项越南病例对照研究中，三个预测调控WNT/β-catenin和NOTCH信号通路核心组分的miRNA种子外SNP显示出与乳腺癌风险或亚型定义易感性的名义关联。尽管rs10061133的整体关联在年龄调整后减弱，但探索性亚型分析提示其在HER2阳性、Ki-67阳性和HR+/HER2+肿瘤中富集信号。rs404337在受体阴性或HER2阳性亚组中观察到额外亚型特异性信号，而rs2986407在年龄调整后与PR阴性乳腺癌相关。总体而言，这些发现提供了初步证据，表明miRNA种子外区域的种系变异可能以亚型依赖方式影响乳腺癌易感性，潜在通过调控WNT/β-catenin和NOTCH通路节点发挥作用。鉴于亚组样本量小和多重比较，这些结果应视为假设生成性，需在更大、年龄匹配的越南队列中验证，并理想地辅以功能实验评估等位基因特异性miRNA-靶标相互作用及下游通路活性。