《Virus Research》：Cameroonian ticks, uncharted viromes: new insights from Rhipicephalus microplus
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研究人员利用纳米孔测序技术绘制了喀麦隆微小扇头蜱的病毒组。发现了两种新病毒：Rhimica病毒和Microon病毒。通过卵测序提示三种常见蜱传病毒可能存在垂直传播。在成年蜱中发现了多种牛病原体，显示出监测潜力。
研究人员利用纳米孔测序技术绘制了喀麦隆微小扇头蜱的病毒组。发现了两种新病毒：Rhimica病毒和Microon病毒。通过卵测序提示三种常见蜱传病毒可能存在垂直传播。在成年蜱中发现了多种牛病原体，显示出监测潜力。
蜱虫因其全球分布和可叮咬几乎所有脊椎动物的能力，对公共卫生构成重大威胁，是传播人畜共患病毒及其他病原体的重要节肢动物媒介。蜱传疾病仍被低估，而病毒分布研究对于揭示这些病原体日益增长的流行率至关重要。在非洲撒哈拉以南地区，气候适宜蜱虫生存，且社区因依赖牲畜而频繁暴露于蜱虫，但相关研究不足。喀麦隆位于多样生态系统的交汇点，此前虽有研究聚焦于蜱种多样性和针对特定病原体（如Jingmen tick virus，JMTV）的PCR检测，但尚未有广泛绘制蜱病毒组的研究。该研究旨在填补这一空白，收集58只成年微小扇头蜱（Rhipicephalus microplus）及9个捕获后产下的卵团，利用纳米孔测序（Nanopore sequencing）进行病毒组分析。研究人员发现多种已知病毒，包括Lihan tick virus（LITV）、Wuhan tick virus 2（WHTV2）、Jingmen tick virus（JMTV）、Hefer Valley virus（HVV）、Enterovirus F（EV-F）和Bovine Kobuvirus（BKV），并鉴定出两种新病毒：Rhimica virus（RMCV，一种thogotovirus）和Microon virus（MCNV，一种uukuvirus）。通过比较亲本蜱与卵的病毒组成，发现LITV、WHTV2和JMTV在卵中检测到，提示可能通过垂直传播（vertical transmission）传递。此外，在成年蜱中检测到多种牛病原体，表明蜱虫监测可作为牲畜和公共卫生的预警系统。该研究为喀麦隆蜱相关病毒的多样性提供了新见解，强调了持续监测潜在新兴病毒威胁的重要性。论文发表在《Virus Research》。
研究人员为开展研究使用的关键技术方法包括：样本于2022年采集自喀麦隆西南部布埃亚地区的牛，共58只成年微小扇头蜱（Rhipicephalus microplus），其中9只产卵。RNA提取自蜱头部（含唾液腺）和整卵团，经核酸酶处理去除宿主核酸后，采用序列非依赖性单引物扩增（sequence-independent single-primer amplification，SISPA）构建cDNA文库，使用Oxford Nanopore Technologies的SQK-LSK109试剂盒进行纳米孔测序（成年蜱用PromethION 2，卵用GridION）。数据经Porechop修剪、Minimap2去除宿主序列、MEGAHIT组装、MMseqs2聚类，DIAMOND BLASTx进行病毒分类。系统发育分析使用MAFFT比对和IQ-TREE最大似然法，基于贝叶斯信息准则（BIC）选取模型，采用超快速自举近似算法（UFBOOT）评估支持率。
研究结果如下：
3.1 病毒丰度：通过纳米孔测序和生物信息学分析，58只成年蜱和9个卵团共产生大量读长，经宿主序列去除后组装出大量重叠群。病毒读长归类显示，主要病毒科包括Phenuiviridae、Chuviridae、Flaviviridae、Picobirnaviridae和Totiviridae。其中，LITV在全部成年蜱（100%）和8个卵团（89%）中检出，是最优势病毒；WHTV2在98%的成年蜱和89%的卵团中检出；JMTV（Jingmenvirus群成员）在83%的成年蜱和33%的卵团中检出。此外，在部分样本中检测到HVV（45%）、EV-F（2%）、BKV（2%）。在蜱22号样本中，研究人员发现大量读长属于Orthomyxoviridae科，组装出6个重叠群，对应Thogotovirus属的典型6个片段，命名为Rhimica virus（RMCV），其核苷酸与泰国蜱thogotovirus的PB1片段相似性80%，与人类病原体Oz virus（OZV）相似性66%-75%。在蜱37号样本中鉴定出一种新phenuivirus，命名为Microon virus（MCNV），其L片段编码的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）与Brown dog tick phlebovirus 1（BDTPV1）有58%氨基酸相似性，S片段编码的核蛋白有43%相似性，符合新种划分标准。
3.2 垂直传播：通过比较9个亲本蜱与其对应卵团的病毒组，发现高流行率的LITV、WHTV2和JMTV同时在亲本和卵中检出，且卵中病毒序列与亲本高度相似（核苷酸相似性>97%），提示这些病毒可能通过垂直传播从亲代传递至卵。而低流行率的HVV和RMCV仅存在于亲本蜱中，未在卵中检测到。该结果支持LITV、WHTV2和JMTV在微小扇头蜱中存在垂直传播，并可能解释其广泛的地理分布。
讨论部分总结了研究意义：微小扇头蜱在西非的扩散具有经济和公共卫生影响，该研究首次系统绘制了喀麦隆该蜱种的病毒组。检测到的牛病原体EV-F、BKV和HVV可能通过蜱虫吸血被摄入，但未证实其在蜱内复制；HVV在近半数成年蜱中检出，提示其可能为蜱传病毒。JMTV作为人畜共患病原体，其垂直传播证据及在喀麦隆至少自2022年起循环的发现，凸显监测重要性。LITV和WHTV2的广泛分布和垂直传播能力可能与其在多个国家报道一致，但需排除内源性病毒元件（EVEs）的可能。新发现的RMCV与人类致病性OZV亲缘接近，MCNV缺乏M片段，其生物学意义待进一步研究。
研究结论：研究结果为喀麦隆蜱相关病毒的多样性提供了新见解，并强调了持续监测来自这些节肢动物的潜在新兴病毒威胁的重要性。
