摘要
卵巢癌的早期检测仍然具有挑战性，因为缺乏敏感且可重复的血液生物标志物。血浆蛋白质组学中的一个主要问题是蛋白质浓度的动态范围极广，这阻碍了高丰度和低丰度蛋白质的同时检测，并限制了与疾病相关的信号的识别。在本研究中，我们采用了原子力显微镜与质谱（AFM/MS）相结合的方法，来探讨样品稀释对血浆蛋白质组覆盖范围以及健康捐赠者与I期和III期卵巢癌患者之间差异检测的影响。血浆样本在两个稀释水平（1:100和1:10,000）下进行了分析。在1:100的稀释比例下，所有样本中共检测到235种蛋白质，这些蛋白质涵盖了所有重复实验和组别。可重复的CORE蛋白质组在健康组中包含169种蛋白质，在I期组中包含183种蛋白质，在III期组中包含193种蛋白质。差异分析显示，在每个稀释水平下都存在不同的、不重叠的蛋白质集合。在1:100的稀释比例下，大多数发生改变的蛋白质在患者样本中的含量减少，这些蛋白质主要是血浆中的主要成分，包括补体蛋白和蛋白酶抑制剂。在1:10,000的稀释比例下，大多数发生改变的蛋白质含量增加，主要是免疫球蛋白相关蛋白以及补体调节成分。这些研究结果表明，样品稀释程度决定了可以观察到的血浆蛋白质组的部分。这里的“蛋白质组深度”指的是在分析流程中可获得的非冗余蛋白质的总数。当将所有组的CORE蛋白质组合在一起时，在1:100稀释比例下检测到216种蛋白质，在1:10,000稀释比例下检测到149种蛋白质，其中有133种蛋白质在两种稀释条件下都存在。较高的稀释比例额外检测到了16种蛋白质，使得总CORE蛋白质组增加到232种。因此，仅提高稀释比例并不会增加蛋白质组深度，但提供了补充的蛋白质鉴定信息，当同时考虑两种稀释条件时，累积的蛋白质组深度得到了提升。这种现象反映了可检测蛋白质子集组成中的稀释依赖性选择性。
