基于微生物电化学传感器的乙酸快速定量:一种结合跨菌株验证的时间建模方法

《Biosensors and Bioelectronics》:Rapid Acetate Quantification via Microbial Electrochemical Sensors : A Temporal Modeling Approach with Cross-Strain Validation

【字体: 大 中 小 】 时间:2026年08月25日 来源:Biosensors and Bioelectronics 11.8

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   摘要挥发性脂肪酸(VFAs)的及时监测对于维持厌氧消化的稳定性至关重要,然而传统的色谱分析会延迟可操作的反馈。微生物电化学传感器(MES)提供连续的电信号,但尚不清楚这些响应能在独立运行的系统中多早地支持定量乙酸预测,以及电化学背景何时变得有用。本研究调查了四种特定菌株的 M

  

摘要

挥发性脂肪酸(VFAs)的及时监测对于维持厌氧消化的稳定性至关重要,然而传统的色谱分析会延迟可操作的反馈。微生物电化学传感器(MES)提供连续的电信号,但尚不清楚这些响应能在独立运行的系统中多早地支持定量乙酸预测,以及电化学背景何时变得有用。本研究调查了四种特定菌株的 MES 设置,即铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和大肠杆菌(Escherichia coli),跨越六个乙酸水平(0.1–10.0 mM)。一种结合了截断电压轨迹、八个动力学摘要以及循环伏安法(CV)和电化学阻抗谱(EIS)描述符的时间框架,通过嵌套的分组留一菌株验证进行了评估。跨菌株验证表明,乙酸浓度可以在 120 分钟时定量(R2 = 0.938)和在 180 分钟时定量(R2 = 0.970)(RMSE 分别为 0.900 和 0.593 mM),在 240 分钟时无进一步改善。值得注意的是,CV/EIS 背景被证明对于 180 分钟时的高精度至关重要,但在 120 分钟时贡献很小,揭示了从动力学驱动的早期定量到背景辅助的后期定量的转变。因此,在受控纯培养条件下,基于 MES 的方法能够在 120/180 分钟内实现快速乙酸测量,响应时间与精度之间存在明显的权衡。

引言

挥发性脂肪酸(VFA)是厌氧消化、酸化发酵及相关碳转化过程中的核心中间体。它们的积累通常先于酸化、产甲烷抑制、过程失衡和性能丧失(Sun et al., 2022; Jin et al., 2016)。在实际操作中,及时的 VFA 信息不仅对于回顾性化学分析有价值,对于在线诊断、风险预警和反馈控制也有价值(Choi et al., 2023; Nie et al., 2025)。气相色谱和高性能液相色谱仍然是 VFA 定量和定性分析的可靠方法,但两者本质上是离线的:它们需要采样、预处理、专用仪器和经过培训的操作员(Sun et al., 2022)。生化变化与分析确认之间的延迟限制了它们在高频监测和快速干预中的有用性。
微生物电化学传感(MES)通过电活性微生物的电信号响应,提供了一条根本不同的生化监测途径(Logan and Rabaey, 2012; Xue et al., 2024)。在微生物燃料电池(MFC)型系统中,底物代谢、胞外电子传递、界面电荷传输和电路输出是耦合的。因此,浓度信息不仅限于终端电压值;它也嵌入在信号发展的过程中,包括其早期上升、瞬态曲率、浓度依赖性分离和趋于稳定的过程。最近的研究证明了使用呼吸切换 MES 响应进行快速生化监测(Han et al., 2023),而动态生物传感器响应和时间分辨电流行为已被利用以在达到完整响应之前加速定量传感(Zhang et al., 2024b; Yan et al., 2024)。之前的 MES 研究也报道了厌氧消化及相关传感设置中的 VFA 或乙酸响应电信号输出(Jin et al., 2016; Jin et al., 2017; Jiang et al., 2019; Sun et al., 2019)。因为乙酸是这里唯一的靶分析物,实际问题是未完成的 MES 响应是否已经包含足够的定量信息用于早期乙酸预测。
当考虑生物和系统异质性时,这个问题变得更具挑战性。独立运行的生物阳极即使在相同底物条件下,也可能在信号幅度、响应动力学、氧化还原行为和阻抗方面存在差异(Zhang et al., 2024a)。在这个数据集中,每种菌株对应一个特定菌株的 MES 组,包含两个并行操作的物理反应器单元;将成对的浓度匹配轨迹取平均以定义用于建模的组级响应。因为菌株身份和 MES 组身份重合,组间变异代表与菌株相关的系统异质性,而不是孤立的菌株效应。这种变异可以重新缩放电压–浓度关系,并破坏从另一个系统学到的校准。因此,分组评估将来自一个 MES 组的所有浓度响应保持在一起,并询问从三个组学到的浓度相关结构是否能转移到完全留出的第四个组,避免当来自同一组的测量进入训练集和测试集时产生的乐观重叠(Roberts et al., 2017)。
机器学习非常适合这个问题,因为它可以捕捉多维电化学响应与生化目标之间的非线性关系(Giordano et al., 2023)。然而,在目前的 MES 设置中,核心问题不是哪种架构在小数据集上获得最高分,而是可转移的定量信息何时首次出现以及其来源如何随响应发展而变化。因此,三个问题指导分析:不完整的轨迹在多早的时候支持在新特定菌株 MES 组中的浓度预测?早期信息在不同响应规模和电化学状态的组间是否稳定?以及电压动力学与组级电化学背景之间的平衡是否随观察阶段而改变?回答这些问题需要完全的组级保留以及对每个响应成分贡献信息的匹配分析。
因此,在本研究中,分析围绕响应阶段而不是模型架构组织。LSTM-CC 被用作共同的分析骨干,结合基线校正电压动力学和归一化时间,以及八个动力学摘要和组级循环伏安法(CV)和电化学阻抗谱(EIS)描述符。完全嵌套的分组留一菌株(LOSO)验证在每个外部折中留出一个完整的特定菌株 MES 组。上下文可用性分析和匹配消融随后解决了每个信息源贡献随时间变化的方式,而替代模型族、固定种子分析和 Y 随机化测试了稳健性。在评估的终点中,可转移预测首先在 120 分钟时达到 RMSE 低于 1 mM,在 180 分钟时达到最小误差,并揭示了从动力学主导的早期预测到上下文辅助的高精度预测的阶段性信息转变。

章节片段

微生物电化学传感器的构建与操作

使用醋酸钠作为靶分析物。使用 50 mM 磷酸盐缓冲盐水(PBS)溶液作为运行电解质,使用 Luria-Bertani (LB) 培养基用于菌株激活和扩增。反应器构建、电极预处理、缓冲液和培养基制备、培养和操作的详细程序在支持信息的文本 S1、S2 和 S6 以及表 S1–S3 中提供。
MES 平台配置为通过 AMI7001 分隔的双室 MFC

纯培养 MES 的动态乙酸响应

如图 1a-d 所示,所有四个纯培养 MES 组在 0.1-10.0 mM 范围内表现出单调的乙酸依赖性电压响应,尽管响应幅度和动力学明显具有菌株特异性。在 10.0 mM 乙酸下,240 分钟电压遵循 CF-S (136.52 mV) > CF-P (129.50 mV) > CF-E (105.45 mV) > CF-B (99.02 mV),而相应的 120 分钟响应分别为 79.41、87.87、65.60 和 70.73 mV。到 120 分钟时,每种菌株已经表达了其全窗期的 58.2–71.4%

结论

本研究确定了支持跨特定菌株 MES 组可转移乙酸定量的信息的阶段性转变。跨菌株验证在 120 分钟时取得了强劲性能(LSTM-CC: R2 = 0.938, RMSE = 0.900 mM; 折间 R2 = 0.925–0.949, RMSE = 0.820–0.991 mM),误差在 180 分钟时达到最小值(R2 = 0.970, RMSE = 0.593 mM),此后趋于平稳。Y 随机化确认预测依赖于乙酸浓度,而不是虚假的

数据与代码可用性

补充附录 2 提供了一个可重现性包,包含冻结的处理建模工作簿、预定义的验证和搜索空间文件、用于折间预处理、嵌套 LOSO 模型选择、基准建模、匹配消融、统计、Y 随机化和图形生成的 MATLAB 源代码,以及包文档和校验和。提供的工作簿包含用于报告分析的已处理/重采样建模输入;原始 1 Hz 电压

CRediT 作者贡献声明

徐苏云: 写作 – 审查与编辑,写作 – 原始草稿,资金获取。张玉晨: 写作 – 审查与编辑,写作 – 原始草稿,资金获取。顾林: 形式分析。李一泽: 写作 – 审查与编辑,方法论。刘月红: 写作 – 原始草稿,可视化,方法论,数据管理。卞俊浩: 形式分析

资金

这项工作得到了 中国国家自然科学基金(编号 52370144)、中国科技部博士后科研科学基金(编号 2025M781208)以及中国博士后科学基金(编号 GZC20250892)的支持。

利益冲突声明

? 作者声明,他们没有已知的竞争性经济利益或个人关系可能影响本文报道的工作。
徐苏云 | 刘月红 | 卞俊浩 | 顾林 | 李一泽 | 张玉晨
上海理工大学环境与建筑学院,中国上海 200093
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