农业既需要提高作物产量,又需要减轻环境负担。作为全球合成氮肥最大的消费国,中国严重依赖无机氮源,特别是尿素,以实现作物高产(Frick et al., 2022)。然而,由于尿素在水中溶解度高且热稳定性低,过量施用尿素导致其在土壤中快速水解,造成氮肥利用率(NUE)低和环境氮损失大(Coskun et al., 2017; Zhu et al., 2020)。在全球范围内,近 50% 的施入氮通过氨(NH3)挥发、硝酸盐(NO3?)淋溶和氧化亚氮(N2O)排放损失(Coskun et al., 2017)。此外,长期过量施肥改变了土壤微生物群落组成并破坏了微生物介导的氮转化过程,从而进一步增加了氮损失的可能性(Hu et al., 2023; Liao et al., 2024)。用粪肥部分替代尿素已成为平衡作物产量与环境可持续性的一种可行方法(Wang et al., 2024a; Alemu et al., 2025)。
土壤氮转化和损失主要由微生物介导,它们通过关键的生物地球化学过程驱动氮循环,包括生物固氮、硝化作用、反硝化作用、氨化作用以及同化/异化硝酸盐转化过程(Mosley et al., 2022)。最近的一项荟萃分析表明,施肥增加了与硝化和反硝化相关的功能基因的丰度,与矿物肥料相比,有机肥料施用引发了这些基因更大的变化(Ouyang et al., 2018)。连续单独施用化学肥料富集了氨氧化微生物并加速了耦合的硝化 - 反硝化过程,而粪肥施用增强了微生物将硝酸盐还原为铵的潜力,从而降低了硝酸盐淋溶风险(Hu et al., 2022; Chinthalapudi et al., 2025)。此外,施肥重塑了微生物种间相互作用。基于网络的分析使得识别支撑生态系统功能、调节养分循环潜力并最终支持提高作物生产力的关键类群和生态一致的微生物群落成为可能(Ma et al., 2024b; Guo et al., 2025; Shang et al., 2026)。
作为由根系分泌物塑造的动态微生物界面,根际连接了植物根系、非根际土和相关微生物。它维持着具有充足有机碳供应和增强酶代谢特征的专门微生物组装体(Yu et al., 2024; Luo et al., 2025)。这种环境选择性地富集了富营养型细菌门,如 Proteobacteria 和 Bacteroidota,它们积极参与氮循环并提供植物可利用的氮(C. Wang et al., 2022; Du et al., 2023)。施肥通过改变土壤理化特性来调节根际微生物组的结构和功能特征。特别是,有机粪肥施用提高了根际碳利用效率并加强了氮固定和 C-N 耦合(Ren et al., 2021; Ma et al., 2024a)。
关于有机无机配施、土壤氮转化和微生物群落的研究已经确定了几个关键的知识空白。短期实验占主导地位,而对粪肥替代的长期微生物响应仍知之甚少。缺乏根际与非根际土之间的系统比较,很少有研究将微生物特征与氮损失、植物氮吸收和作物产量结合起来以阐明空间分化的机制。为了解决这些知识空白,我们进行了一个 16 年的田间实验,整合了根际和非根际土的高通量细菌测序以及氮损失和玉米生产力的测量,以调查两个土壤组分之间的功能分化。具体目标是:(1) 表征不同施肥制度下的细菌群落结构和共现网络,并揭示根际和非根际土之间细菌相互作用的空间分化模式;(2) 确定关键氮循环功能基因对施肥实践的不同响应及其与土壤氮损失和植物氮吸收的关系;(3) 阐明连接细菌群落属性、氮循环功能潜力、氮归趋和作物生产力的途径。总之,本研究为优化集约化农业生态系统的养分管理和减轻环境风险提供了微生物生态框架。