《Frontiers in Veterinary Science》：First detection and molecular characterization of influenza D virus in livestock from Kazakhstan reveals circulation of the D/Yama2019 lineage
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流感D病毒（Influenza D virus, IDV）是一种新发的正黏病毒（Orthomyxovirus），主要与牛相关，并日益被认为具有兽医及人畜共患相关性。尽管其在亚洲、欧洲和北美流行的证据不断增加，此前哈萨克斯坦及中亚地区尚无相关数据。研究人员于20
流感D病毒（Influenza D virus, IDV）是一种新发的正黏病毒（Orthomyxovirus），主要与牛相关，并日益被认为具有兽医及人畜共患相关性。尽管其在亚洲、欧洲和北美流行的证据不断增加，此前哈萨克斯坦及中亚地区尚无相关数据。研究人员于2023至2026年主动监测期间收集国内家畜样本，从哈萨克斯坦多个地区共获867份生物样本，包括牛（n=611）、骆驼（n=175）、马鹿（Maral Deer，n=51）和猪（n=30）。采用针对HEF、PB1、PB2和P3基因新设计的引物面板进行反转录聚合酶链反应（RT-PCR）筛查病毒RNA。阳性扩增产物经Sanger测序与系统发育分析。11只动物检出IDV RNA，总阳性率1.27%。阳性样本分布于多个地理区域，表明其流行范围较既往认知更广。从两株代表性牛源毒株D/bovine/Zhetysu/KAZ/678/2025和D/bovine/Zhetysu/KAZ/680/2025成功获取完整HEF基因序列。系统发育分析显示两株均聚于D/Yama2019谱系，与同期亚洲毒株核苷酸一致性>98.83%。据研究人员所知，此为哈萨克斯坦IDV首次报道。上述发现拓展了IDV已知地理分布，提示中亚跨境传播路径可能，需持续分子监测以明确流行病学、宿主范围及潜在经济影响。
研究背景与立项依据
流感D病毒（Influenza D virus, IDV）于2016年被正式归类于正黏病毒科（Orthomyxoviridae）德尔塔流感病毒属（Deltainfluenzavirus），2011年首见于美国俄克拉荷马州猪群，现以牛为主要储存宿主，参与牛呼吸道病复合征（bovine respiratory disease complex, BRDC）发生，造成奶牛肉牛产业显著经济损失。IDV具广泛宿主嗜性，涵盖猪、羊、骆驼、马及野生有蹄类，并在兽医与畜禽从业者中检出特异性抗体，原代人气道上皮培养可复制，暗示潜在人畜共患风险。IDV遗传多样性依血凝素-酯酶-融合（hemagglutinin–esterase–fusion, HEF）基因划分，已识D/OK、D/660、D/Yama2016、D/Yama2019、D/CA2019及D/France等谱系，其中D/Yama2019源自日本，近年成亚洲主导谱系。哈萨克斯坦虽已报道牛疱疹病毒1型（BoHV-1）、牛冠状病毒（BCoV）与牛病毒性腹泻病毒（BVDV）等呼吸道病原，但IDV分子监测空白。该研究填补中亚IDV分子鉴定缺口，首发全国尺度IDV流行与HEF谱系特征证据，论文发表于《Frontiers in Veterinary Science》。
主要技术方法概述
研究人员于2023年1月至2026年3月，在哈萨克斯坦六区（Zhetysu、East Kazakhstan、Mangystau、Aktobe、Zhambyl、Almaty）家畜主动监测中收集牛、骆驼、阿尔泰马鹿（Cervus elaphus sibiricus）及猪鼻咽拭子共867份；总RNA提取后先以靶向PB1的RT-qPCR初筛，Ct<34判阳性；对阳性样本用基于百余条全球基因组比对设计的HEF/PB1/PB2/P3重叠引物面板做RT-PCR，产物电泳后Sanger双向测序，BioEdit拼接，BLASTn比对，MEGA11采用最大似然法（Tamura-Nei模型、1000自举）构建HEF系统发育树，并做氨基酸位点保守性分析。
研究结果
3 Results
867份样本中牛611、骆驼175、马鹿51、猪30；IDV RNA阳性11份（1.27%），其中牛9份（1.47%）、马鹿2份（3.92%），骆驼与猪均阴。阳性分布于Zhetysu、Aktobe、Mangystau、Zhambyl多区，示非单点暴发。马鹿阳性者临床健康，因Ct>34未获HEF序列。MDCK与MDBK细胞三次传代未现持续复制，无活毒分离。两牛株（D/bovine/Zhetysu/KAZ/678/2025、D/bovine/Zhetysu/KAZ/680/2025）获完整HEF，与D/Yama2019参考株核苷酸一致>98.83%，聚于该谱系；HEF约621氨基酸，无提前终止，受体结合域（RBD）185/229/231/239/273位保守，融合基序FIGFVAGGVAGGYF一致，顶端（apex）210–214位为CNKHV，区别于D/OK与D/660；C端仅N→S替换，或影响N-糖基化。P3基因无移码/终止，相对D/Yama2019有35核苷酸替换（多同义），8个氨基酸替换（A77T等），催化KDD基序保守，呈纯化选择。
讨论部分总结
研究人员指出，哈萨克斯坦首发IDV分子证据将病毒分布扩至中亚，牛为主宿主与亚洲既往报道一致；1.27% RNA阳性低于中美部分地区，但血清学研究显示抗体可达80–91%，故RNA盛行度低估真实暴露。两牛株归D/Yama2019且近澳大利亚NSW/L13及中日韩土毒株，支持该谱系自东亚向西经欧亚扩散。HEF顶端CNKHV及整体相似度使之有别北美古老谱系，符合日本、中国、澳洲所见谱系替代。株间极低变异示近期引入后局部传播。MDCK/MDBK分离阴性与IDV上呼吸道嗜性及体外适应需求相符。马鹿阳性虽低载量未测序，但共牧环境提示反刍野生动物或参与维持，生态可塑性高。结合哈萨克斯坦衔接东亚—俄—欧的区位与从业者高血清阳性，IDV应纳入“同一健康（One Health）”兽医公卫监测。
结论部分翻译
本研究提供哈萨克斯坦IDV流通的首个分子确认，填补全球流行病学知识空白并确认中亚属该新发病原全球网络一环。RNA阳性率低（1.27%，11/867），与东北中国（1.2%）和巴基斯坦（2.4%）相仿。IDV不止于牛亦见于马鹿，支持其生态适应广、野生反刍类可介入循环。系统发育与分子分析示D/Yama2019谱系在哈流行，两株与2021–2022亚洲分离株>98%一致。D/Yama2019在哈出现并行于2021后中国兴起扩张，或示欧亚共享流行病学联系。所建引物面板利区域基因组测序与持续监测。虽猪驼未检获，国际证据示职业暴露人高血清阳性，暗示人畜共患意义；防制应重供应链追溯与进口家畜风险筛查，检出后速启基因组—流行病学联合调查。结果强调向动物进口管控兽医服务配IDV分子诊断包之益，凸显将该病原整合进国家监测、于One Health下强化准备之必要。
