基于完整线粒体基因组确定Talpa levantis、T. martinorum和T. transcaucasica的系统发育位置

《Biologia》：Phylogenetic position of Talpa levantis, T. martinorum, and T. transcaucasica based on complete mitogenomes

　　

摘要

本研究分析了、Talpa martinorum和（真盲缺目：鼹鼠科）的线粒体基因组序列。其中和的线粒体基因组是首次被报道。这些鼹鼠物种的线粒体基因组为环状分子，长度在16,700 bp到16,728 bp之间，包含13个蛋白质编码基因（PCGs）、22个转运RNA（tRNA）基因、2个核糖体RNA（rRNA）基因以及1个调控区域。除了8个tRNA基因和ND6基因外，其余所有线粒体基因都编码在重链（H链）上。在这三种鼹鼠物种的线粒体基因组中，鸟嘌呤（Guanine）是含量最低的核苷酸（A > T > C > G）。在所有三种鼹鼠的线粒体基因组中，ATG是13个蛋白质编码基因最常见的起始密码子。、Talpa martinorum和的线粒体基因组的基因顺序和方向与其他鼹鼠物种基本相同。系统发育分析使用了来自完整mtDNA序列的14,896 bp数据集进行。在蛋白质编码基因的成对比较中，Talpa levantis与之间的最低遗传距离为6.5%（ATP8基因），最高为13.9%（ATP6基因）；Talpa levantis与之间的最低遗传距离为3.8%（ATP8基因），最高为11.4%（ND3基因）；Talpa martinorum与之间的最低遗传距离为6.2%（ATP8基因），最高为16.1%（ATP6基因）。基于蛋白质编码基因的物种间总体成对距离分别为：Talpa transcaucasica与之间6.9%，Talpa transcaucasica与之间12.1%，Talpa levantis与之间11.8%。由于基因间的分子进化速率存在差异，因此它们所揭示的进化模式和遗传距离也可能有所不同。与单基因系统发育分析相比，完整的线粒体基因组数据提供了更高的分辨度和更大的可靠性。我们的研究结果明确表明在基因上与存在显著差异，这强烈支持其作为一个独立物种的地位。

本研究分析了、Talpa martinorum和（真盲缺目：鼹鼠科）的线粒体基因组序列。其中和的线粒体基因组是首次被报道。这些鼹鼠物种的线粒体基因组为环状分子，长度在16,700 bp到16,728 bp之间，包含13个蛋白质编码基因（PCGs）、22个转运RNA（tRNA）基因、2个核糖体RNA（rRNA）基因以及1个调控区域。除了8个tRNA基因和ND6基因外，其余所有线粒体基因都编码在重链（H链）上。在这三种鼹鼠物种的线粒体基因组中，鸟嘌呤（Guanine）是含量最低的核苷酸（A > T > C > G）。在所有三种鼹鼠的线粒体基因组中，ATG是13个蛋白质编码基因最常见的起始密码子。、Talpa martinorum和的线粒体基因组的基因顺序和方向与其他鼹鼠物种基本相同。系统发育分析使用了来自完整mtDNA序列的14,896 bp数据集进行。在蛋白质编码基因的成对比较中，Talpa levantis与之间的最低遗传距离为6.5%（ATP8基因），最高为13.9%（ATP6基因）；Talpa levantis与之间的最低遗传距离为3.8%（ATP8基因），最高为11.4%（ND3基因）；Talpa martinorum与之间的最低遗传距离为6.2%（ATP8基因），最高为16.1%（ATP6基因）。基于蛋白质编码基因的物种间总体成对距离分别为：Talpa transcaucasica与之间6.9%，Talpa transcaucasica与之间12.1%，Talpa levantis与之间11.8%。由于基因间的分子进化速率存在差异，因此它们所揭示的进化模式和遗传距离也可能存在差异。与单基因系统发育分析相比，完整的线粒体基因组数据提供了更高的分辨度和更大的可靠性。我们的研究结果明确表明在基因上与存在显著差异，这强烈支持其作为一个独立物种的地位。