两种巴西地区植物相关RNA病毒群落的组成：这些地区的人类干预程度各不相同

《npj Viruses》：Composition of plant-associated RNA virus communities in two Brazilian regions with different levels of human intervention

　　

摘要

近期基于高通量测序（HTS）的转录组学和宏转录组学研究极大地扩展了我们对全球RNA病毒组的认识，发现了大量存在于不同宿主生物中的新型RNA病毒。然而，由于缺乏来自野生群落的信息，我们对植物病毒动态的生态系统层面的理解仍然受到限制，因为大多数关于植物病毒动态的监测都是在农作物种植系统中进行的。有研究表明，栽培植物中病毒病的出现与人类对自然生态系统的干扰所引起的生态扰动有关，而自然生态系统与农业生态系统之间的交界区域是新病毒出现的热点。在此研究中，我们采用了几何基因组学方法来分析巴西东南部米纳斯吉拉斯州两个不同人类干预程度的生态系统中的病毒群落，包括这些交界区域。我们从采集的植物中提取了双链RNA（dsRNA），并使用Oxford Nanopore MinION设备对其进行测序。我们使用了多种工具来识别和分类样本中的病毒，包括BLAST、PalmScan、轮廓隐马尔可夫模型（profile HMMs）和geNomad。研究结果表明，在人类干预程度较低的生态系统中，植物和病毒的多样性更高，未分类病毒的比例也显著更大。