一种用于沙眼衣原体基因组监测与研究的新核心基因组 MLST 方法

《Nature Communications》：A new core-genome MLST approach for Chlamydia trachomatis genomic surveillance and research

　　

摘要

沙眼衣原体引起常见的性传播感染。由于技术挑战和缺乏标准化的分型框架，全基因组测序在其分类和监测中的应用受到限制。特别是，核心基因组多位点序列分型（cgMLST）是一种可扩展且可移植的方法，已广泛应用于其他细菌病原体，但在沙眼衣原体方面仍鲜有探索。在此，我们汇编和整理了一个多样化的沙眼衣原体基因组数据集（来自 26 个国家的 1230 个样本），包括公开可用和新生成的组装序列，以开发一个针对标准化本地部署进行优化的 cgMLST 系统（n?=?846 个位点）。基准测试表明，其具有高分型率，且聚类结果与核心 SNP 方法以及现有的在线 cgMLST 方案（PubMLST）一致。我们的 cgMLST 框架重现了沙眼衣原体的四个主要进化谱系，并使得能够深入探索全球系统基因组多样性和进化，包括用于检测和分析当代菌株的谱系内多样性。通过实现位点/等位基因与特定系统基因组/表型特征之间的直接联系，这种 cgMLST 方法还阐明了沙眼衣原体全基因组的重组景观，并鉴定了具有潜在诊断和/或功能相关性的谱系特异性等位基因（和中断位点）。我们的 cgMLST 方案已公开可用，可供本地实施，并伴有基于 cgMLST 的分层命名法，促进实验室和国家之间统一的基因群追踪。