操作简便的DNA微阵列检测临床样本中皮肤癣菌并与传统真菌学方法比较的前瞻性多中心评估

《Microbiology Spectrum》：Prospective multicenter evaluation of an easy-to-use DNA microarray for the detection of dermatophytes in clinical samples compared with conventional mycological methods

　　

分子方法越来越多地用于浅部真菌感染的诊断，可快速、敏感地检测皮肤癣菌（dermatophytes）。这项多中心研究评估了DendrisKIT（DP检测法，DP assay）——一种用于皮肤癣菌检测的自动化DNA微阵列（DNA microarray）——与传统真菌学方法相比的诊断性能。研究人员共分析了来自法国四个中心的490份临床样本，使用DP检测法、直接镜检（DE）和真菌培养（fungal culture）。排除无效结果后，纳入487份样本（316份指甲样本、145份皮肤刮取物、26份头皮样本）。不一致结果进一步使用另一种商业分子检测法进行调查。DP检测法在487份样本中的367份（75.4%）检出皮肤癣菌，优于DE（67.4%）和培养（63.4%）。以培养为参照，DP检测法的相对敏感性为96.4% [94.3–98.5]，特异性为61.2% [54.0–68.4]，这反映的是额外检出而非假阳性。在培养阴性/DP检测法阳性样本中，58份被判定为可能真阳性，调整后特异性为90.8% [95%CI: 85.6–96.0]。观察到11例培养阳性/DP阴性病例，可能源于样本内真菌分布不均。将DP检测法与DE或培养联合使用可获得最高的检出率（分别为80.9%和77.6%）。DP检测法是一种可靠、易用、快速且高通量的皮肤癣菌检测方法。与传统真菌学方法联合使用时，可提高诊断产出并缩短周转时间，但培养对于识别引起浅部真菌感染的罕见真菌（如非皮肤癣菌霉菌（non-dermatophyte molds, NDMs））仍必不可少。重要性：商业多重检测方法提高了临床样本中皮肤癣菌的检出，但其使用受制于标准化不足和认可约束。DNA微阵列技术扩展了病原体检测范围，是多重实时PCR（real-time PCR）的有前景替代方案。研究人员在一个大型多中心队列中评估了DendrisKIT DP DNA微阵列，显示其提高了诊断产出并缩短了周转时间，而培养对于检测罕见真菌（包括检测panel未覆盖的非皮肤癣菌霉菌）仍然必不可少。

皮肤癣菌病（dermatomycoses）是由皮肤癣菌（dermatophytes）引起的浅部真菌感染，临床可表现为甲癣、体癣和头癣等。红色毛癣菌（Trichophyton rubrum）和趾间毛癣菌（T. interdigitale）是甲感染的主要病原，近年来特比萘芬耐药菌株的出现以及头癣治疗药物选择的变化，使得病原菌的准确鉴定更加重要。传统真菌学诊断主要依靠直接镜检（DE）和真菌培养，但直接镜检敏感性有限且依赖操作者经验，培养则通常需要数周才能获得结果，并且商业多重PCR检测的panel靶标数量有限、标准化不足。DNA微阵列（DNA microarray）技术可同时检测更多靶标，被认为是可能的替代方案。为此，研究人员在法国四个中心开展了一项大型前瞻性多中心研究，评估自动化、操作简便的DendrisKIT DP检测法（DP assay）在临床样本中检测皮肤癣菌的性能，并与传统真菌学方法进行比较。该研究论文发表在《Microbiology Spectrum》。

研究人员共纳入2023年1月至2024年2月来自法国雷恩、Henri Mondor、Saint-Antoine大学医院及Bioclinic Madeleine实验室的490份临床样本，排除无效结果后共分析487份，包括316份指甲样本、145份皮肤刮取物和26份头皮样本。以真菌培养和直接镜检为参照，DP检测法在367/487份样本（75.4%）中检出皮肤癣菌，检出率高于直接镜检（67.4%）和培养（63.4%）；以培养为参照的相对敏感性为96.4%，特异性为61.2%，其中69份培养阴性/DP阳性样本经复核后大部分被判定为可能真阳性，调整后特异性为90.8%。将DP检测法与直接镜检或培养联合使用可将检出率分别提高至80.9%和77.6%。研究认为，DP检测法可靠、易用、快速且适合高通量检测，与传统真菌学方法联用可提高诊断产出并缩短周转时间，但培养仍是鉴定panel未覆盖的罕见真菌（尤其非皮肤癣菌霉菌）所必需的参考方法。

主要关键技术方法包括：①样本队列来自上述四个法国中心，最终