多基因位点系统发育基因组学揭示，寄主驱动的结构塑造了印度农业生态系统中植原体多样性的格局

《World Journal of Microbiology and Biotechnology》：Host-driven structuring shapes the landscape of phytoplasma diversity across Indian agroecosystems revealed by multilocus phylogenomics

　　摘要植原体是一种局限于韧皮部、无细胞壁的病原体，对寄主植物造成严重的生物胁迫，导致全球范围内农作物产量大幅损失。然而，其在热带农业生态系统中的遗传多样性、寄主关联及种群结构仍知之甚少。本研究对印度农业生态系统中"未定植原体"的多样性、分布和种群结构进行了全国范围的多位点评估。2020至2023年间对十个邦进行的调查显示，共从42种寄主物种及其相关的叶蝉昆虫媒介中鉴定出124份植原体阳性样本。基于16S rRNA、secY和< />基因的多位点序列分析，并结合计算机模拟RFLP（限制性片段长度多态性）分析，将菌株划分为五个主要核糖体群（16SrI、II、V、VI和XI），涵盖14个亚群，其中多个菌株（相似系数≤0.97）提示存在候选新亚群。遗传多样性分析显示高单倍型多样性（Hd = 0.991）及显著的多位点变异，AMOVA（分子方差分析）结果表明，超过50%的遗传变异由寄主关联而非地理因素所决定。单倍型网络和中性检验分析显示，植原体种群在人口结构上保持稳定，并呈现寄主依赖性结构特征。网络分析和多元分析揭示了非随机的寄主关联、强烈的寄主特异性及生态模块化特征，其中16SrII-D亚群作为核心枢纽连接了多种寄主和多个地区。对应分析进一步证实，主要植原体群之间存在显著的寄主相关性结构。新发现的寄主关联，包括楝科植物 Vitex negundo、V. altissima（大叶假鹰爪）和Papremusa obtusifolia（纸雏菊）等，进一步扩大了印度已知植原体寄主范围。综上所述，这些发现为理解植原体多样性、寄主-病原体相互作用及其对植物健康与病害管理的影响提供了重要见解，也为改进新兴植原体相关疾病的监测工作提供了框架。