消化性溃疡患者的肠道生物地理微生物组将十二指肠微生物生态系统和机会性病原体与血浆生物标志物联系起来

《npj Biofilms and Microbiomes》：Gut biogeographical microbiome in dyspepsia links duodenal ecology and opportunistic pathogens with plasma biomarkers

　　

摘要

与消化不良相关的微生物群失衡在胃肠道生物地理学方面的研究仍相对不足。本研究评估了来自印度一家三级医疗机构的一组121名消化不良患者，通过对他们的菌群和菌硅群中的16S rDNA及其ITS区域进行全长度Oxford Nanopore扩增子测序来开展分析。在涵盖唾液、十二指肠黏膜和粪便的246份样本中，观察到菌群存在显著差异（PERMANOVA R²?>?40%），而菌硅群的差异则较小（R²?=?9%）。口腔和十二指肠样本中均存在机会性病原体，如促炎性的Streptococcus milleri群（SMG）；Helicobacter pylori和Serratia marcescens仅在十二指肠黏膜中被检测到。整合血浆生物标志物（胃蛋白酶原I/II、胃泌素-17b、Zonulin）的结果显示，十二指肠和粪便中的微生物群发生了与生化紊乱相关的变化。在胃蛋白酶原和胃泌素水平异常的情况下，十二指肠黏膜中的Streptococcus种类数量增加；而H. pylori在十二指肠中的存在与微生物群多样性存在差异。针对十二指肠交界处及可获取的唾液/粪便样本的微生物群失衡评分模式以及机器学习模型的分析，进一步加深了我们对基于微生物群的 Upper Gut（上消化道）疾病风险评估的理解。