将基因表达的遗传调控机制与细胞环境联系起来，可以发现与脑部疾病相关的长非编码RNA（long non-coding RNAs）

《Nature Communications》：Mapping genetic regulation of gene expression to cellular contexts identifies long non-coding RNAs associated with brain disorders

　　

摘要

遗传变异如何调节不同脑细胞类型中的长链非编码RNA（lncRNA）表达至今仍知之甚少。其中一个主要障碍在于大规模研究和单核表达数量性状位点（eQTL）研究之间在分辨率与统计能力之间的权衡。在此研究中，我们利用扩展的转录组注释数据，对2443人的大脑皮层RNA-seq数据进行基因表达分析，并结合反卷积得到的细胞类型比例信息，进行了全转录组范围内的相互作用eQTL映射。在分析的17,541个lncRNA中，我们发现了3763个具有细胞环境依赖性效应的lncRNA，其中2,783个（74%）并未被GENCODE数据库注释。通过与大脑相关性状的全基因组关联研究（GWAS）的结果进行比对，我们发现了118个lncRNA与这些性状的共定位现象，其中约三分之二的共定位效应仅在考虑细胞环境因素后才能被检测到。我们的研究建立了人类大脑中基于细胞环境的遗传调控图谱，为识别可能在脑部疾病遗传风险调控中起作用的lncRNA提供了基础。