综合的转录组学和蛋白质组学分析揭示了系统性自身炎症疾病中的先天性和适应性免疫动态

《Communications Medicine》：Integrated transcriptomic and proteomic analysis reveals innate and adaptive immune dynamics in systemic autoinflammatory diseases

　　

摘要

背景

系统性自身炎症性疾病（SAIDs）是一组具有部分重叠临床特征的罕见疾病。然而，它们的遗传构成和治疗反应存在很大差异。尽管炎症小体失调是许多SAIDs的核心机制，但最新研究表明，其他免疫途径也可能对疾病活动产生影响。

方法

我们整合了使用NovaSeq 6000和SomaScan平台分别获得的SAID患者和阴性对照组的转录组学和血浆蛋白组学数据。我们检测了四种与炎症相关的基因（IL1B、IL6、IL18 和 BLNK）的表达模式，并评估了患者与对照组之间以及初始样本与随访样本之间的差异表达。接着，我们构建了这些转录子和蛋白质的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，并进行了功能富集分析，以识别在每个PPI网络中显著富集的基因集。

结果

转录组分析发现了1,805个差异表达的转录本。BLNK与IL1B和IL18呈显著负相关，而BLNK与IL6则与B细胞比例相关。在表达上调的前50个转录本中，发现了三个富集群体：与分泌颗粒、血红蛋白复合物和适应性免疫反应相关。差异蛋白组学分析鉴定出1,217个差异丰度的蛋白质；表达上调的前50个蛋白质被归类为四个组，分别与补体激活、急性期反应、中性粒细胞迁移和细胞外基质组织相关。最后，我们观察到了随访期间的转录组和蛋白组表达变化。

结论

我们的分析揭示了患者间炎症特征的多样性。这些发现突显了SAIDs病理生理学的复杂性，并有助于进一步完善关于疾病机制和患者分层的假说。