长脚白蛉（双翅目：蛾蚋科）微卫星标记的计算机挖掘与验证

《Scientific Reports》：In silico mining and validation of microsatellite markers in Phlebotomus argentipes (Diptera: Psychodidae)

　　

摘要

白蛉（Phlebotomus argentipes）是杜氏利什曼原虫（Leishmania donovani）的主要传播媒介，后者是引起利什曼病（内脏利什曼病）的病原体。本研究旨在通过基于GenBank获取的支架水平基因组装配数据进行虚拟挖掘和表征P. argentipes的简单序列重复（SSR），并通过湿实验验证选定的SSR标记，从而扩充P. argentipes的基因组资源。研究人员从基因间区共鉴定出22个SSR位点，并用于引物设计。利用实验室饲养的白蛉基因组DNA进行PCR扩增验证，确认所有位点均成功扩增。根据扩增质量和SSR基序验证结果，选取11对引物用于对来自安巴拉努塔（Geo 1）和波尔皮提加马（Geo 2）的野外采集P. argentipes（n = 20）进行片段分析和等位基因表征。所有选定位点均表现出多态性，每座位的等位基因多样性范围为1至8个。观测杂合度（H_O）范围为0.00至0.75，期望杂合度（H_E）为0.29至0.85，多态信息含量（PIC）为0.26至0.81，其中五个标记（IC27、IC02、IC51、IC68、IC74）的PIC值较高。群体间遗传分化（F_ST）范围为0.03至0.10，而F_IS范围为0.10至1.00，表明除IC21位点表现出杂合子超额外，各座位普遍存在杂合子缺失，这些结果表明上述SSR标记适用于群体遗传学研究。