近克隆的Raoultella planticola菌株共携带IncU和IncX3 blaNDM?1质粒以及blaKPC?2质粒

《BMC Microbiology》：Near-clonal Raoultella planticola isolates co-harboring IncU and IncX3 blaNDM?1 plasmids and blaKPC?2 plasmids

　　

摘要

背景

Raoultella planticola是一种在临床环境中并不常见但日益受到重视的机会性病原体。其碳青霉烯类抗生素的抗性机制尚未得到充分研究，尤其是在质粒层面。我们研究了两种临床分离株中碳青霉烯酶决定因子的基因组背景及其转移潜力。

方法

从一家三级护理医院的常规诊断标本中分离出两株R. planticola分离株，通过对它们进行抗菌药物敏感性测试、S1核酸酶脉冲场凝胶电泳（S1-PFGE）、Southern印迹以及使用短读长读数据的混合全基因组测序进行了分析。在计算机上对获得的耐药基因、质粒复制子以及bla_NDM?1和bla_KPC?2周围的遗传环境进行了表征。

结果

这两种分离株均对碳青霉烯类抗生素具有抗性，并且对替加环素和多粘菌素的最低抑菌浓度（MIC）较低。每株分离株都携带两种bla_NDM?1阳性质粒：一种大型的IncU型质粒和一种较小的IncX3型质粒。此外，每株分离株还在一个单独的、无法定型的小质粒上携带了bla_KPC?2。定性接合实验证实了Escherichia coli EC600获得了bla_{NDM?1，但无法确定具体是哪种blaNDM?1阳性质粒的基因组骨架发生了转移。比较基因组学分析发现了blaNDM?1周围保守的移动元件相关结构，包括IncX3型质粒中的IS26相关排列。Wry231和Wry237在核心基因组上有一个单核苷酸多态性（SNP）的差异，这支持它们具有近克隆相关性以及它们属于同一临床群体。}

结论

近克隆的临床R. planticola分离株可以同时携带IncU型和IncX3型的bla_NDM?1质粒以及单独的小型bla_KPC?2质粒。定性转移实验表明bla_NDM?1能够被异源受体获得，尽管转移的质粒骨架尚未被明确鉴定。这些发现扩展了对该病原体碳青霉烯类抗生素抗性机制的基因组证据，并支持继续进行基于质粒的监测。