Halolitoreus marinus 新属新种及 Halolitoreus rarus 新种，这是从多样的沿海潮滩分离得到的嗜盐古菌，并提议在盐杆菌纲盐杆菌目下建立新科 Halolitoreaceae

《Systematic and Applied Microbiology》：Halolitoreus marinus gen. Nov., sp. nov. and Halolitoreus rarus sp. nov., halophilic archaea isolated from diverse coastal tidal flats, and proposal of the novel family Halolitoreaceae fam. Nov. in the order Halobacteriales within the class Halobacteria

　　

摘要

海岸潮间带代表了动态的盐碱环境，栖息着大量尚未探索的嗜盐古菌群落。本研究采用扩增子测序、宏基因组分析和培养基于的方法揭示了尽管盐度相对较低，中国东部四个省份的潮间带中存在显著的嗜盐古菌多样性。从多样的潮间带中分离出五株嗜盐古菌株，命名为 YSMS36^T、DYSN1、QDMS2、CMSO5^T 和 ZSTT2。这些菌株与其最近的有效命名近亲 Salinilacihabitans rarus AD-4^T 的 16S rRNA 基因序列相似性为 92.1–92.2%。基于 16S rRNA 和 rpoB′ 基因序列的系统发育分析表明，这五株菌株形成了一个独特且支持率高的单系谱系，与目前公认的 Halobacteria 纲成员分开。这五株菌株与相关 Halobacteria 代表之间的平均氨基酸一致性 (AAI)、平均核苷酸一致性 (ANI) 和数字 DNA-DNA 杂交 (dDDH) 值分别为 49.3–62.7%、66.9–74.9% 和 16.2–29.5%，远低于物种和属划定的公认阈值。系统基因组学分析进一步支持它们归属于 Halobacteriales 目下的一个新科。基于系统发育、基因组、化学分类和表型分析，这五株菌株代表了一个新科内的一个新属的两个新种。本文提出命名：Halolitoreaceae 科新科，Halolitoreus marinus 属新属、种新种，以及 Halolitoreus rarus 种新种。

引言

嗜盐古菌是最依赖盐分的微生物，广泛分布于高盐环境中，包括盐碱土、盐湖和盐矿 (Cui and Dyall-Smith, 2021)。在分类学上，它们主要被归类于 Archaea 域 Methanobacteriota 门下的 Halobacteria 纲。目前，Halobacteria 纲分为两个公认的目，Halobacteriales 和 Halorutilales。截至 2026 年 4 月，Halorutilales 目仅由一个科、属和种代表，而 Halobacteriales 目包含绝大多数已知的嗜盐古菌，根据 LPSN 记录，包括 10 个科、86 个属和 428 个具有正确名称的物种 (Cui et al., 2023)。

传统上，大多数关于嗜盐古菌的研究集中在稳定的高盐环境，如盐湖、盐田和盐矿，大多数已知的嗜盐古菌多样性和新分类单元是从中恢复的 (Cui and Dyall-Smith, 2021)。然而，最近海岸潮间带已成为新嗜盐古菌群系的重要来源 (Cheng et al., 2024; Hu et al., 2023, Hu et al., 2024; Li et al., 2024; Ma et al., 2023, Ma et al., 2024; Mao et al., 2025; Sun et al., 2023b; Tan et al., 2024; Wu et al., 2023; Xu et al., 2026)。作为陆地和海洋生态系统之间的过渡区，海岸潮间带经历动态的物理化学波动和显著的盐度变化 (Takai et al., 2020)。我们之前的研究表明，栖息于中国海岸潮间带的嗜盐古菌在广泛的盐度范围内表现出显著的适应性 (Cheng et al., 2024)。这种生理灵活性表明在环境适应机制研究以及未来生物技术和工业应用方面具有巨大潜力。这些发现凸显了进一步探索这一独特生态系统中嗜盐古菌多样性的必要性。

在本研究中，采用 16S rRNA 基因扩增子测序、宏基因组分析和依赖培养的方法调查了中国东部四个省份潮间带中嗜盐古菌的多样性。在 2019 年至 2022 年进行的调查期间，从海岸潮间带分离出五株嗜盐古菌株，命名为 YSMS36^T、DYSN1、QDMS2、CMSO5^T 和 ZSTT2。这些菌株与目前公认的物种表现出较低的 16S rRNA 基因序列相似性，表明它们可能代表之前未描述过的分类单元。为了确定它们的分类地位，进行了多相分类特征表征。

章节摘要

嗜盐古菌株的分离和培养

海岸潮间带样品采集自虞山 (YSMS)、东营 (DYSN)、启东 (QDMS)、崇明 (CMSO) 和舟山 (ZSTT) (表 1)，装在无菌塑料瓶中运至实验室，并储存在 4 °C 直至进一步处理。样品的物理化学性质，如有机质、盐度和 pH 值，采用前述方法测定 (Wang et al., 2023)。采集的样品进行系列稀释并涂布于嗜盐古菌复合

基于扩增子测序和宏基因组分析的海岸潮间带嗜盐古菌多样性

样品表现出 pH 值范围从 7.52 到 8.21，盐度从 14.0 到 32.2 g/kg，有机质含量从 0.25 到 58.87 g/kg，每个样品的详细值见表 1。值得注意的是，与经典的超盐环境（如盐湖和太阳盐田）相比，盐度水平相对较低，嗜盐古菌通常在这些环境中繁盛 (Cui and Dyall-Smith, 2021)。然而，海岸潮间带是高度动态和异质的环境，在那里

CRediT 作者贡献声明

侯静：写作 – 原稿，调查，形式分析，构思。许国良：方法论，调查，形式分析。谭顺：方法论，调查，形式分析。毛亚玲：方法论，调查，形式分析。辛玉杰：验证，调查。程木：验证，调查。崔恒林：写作 – 审阅与编辑，监督，资金获取，形式分析，构思。

伦理声明

本文不包含任何与人类参与者或动物相关的研究。

基金

这项工作得到了 国家自然科学基金 (编号：32570015) 和 科技基础资源调查专项 (编号：2025FY100500) 的资助。

未引用参考文献

Li et al., 2022

竞争利益声明

作者声明，他们没有已知的可能影响本文报告工作的竞争经济利益或个人关系。

致谢

我们感谢耶路撒冷希伯来大学的 Aharon Oren 先生在命名方面提供的有益建议。

侯静 | 许国良 | 谭顺 | 毛亚玲 | 辛玉杰 | 程木 | 崔恒林