基于 PacBio HiFi 和 Hi-C 测序的鲤科鱼类林氏原缨口鳅染色体水平基因组组装

《Scientific Data》：Chromosome-level genome assembly of the cyprinid fish Onychostoma lini using PacBio HiFi and Hi-C sequencing

　　

摘要

Onychostoma lini（林氏光唇鱼）是一种生态和经济上重要的鲤科鱼类，特产于中国南方的山间河流。由于栖息地破碎化、水电开发和过度利用，野生种群数量急剧下降，然而基因组信息仍然缺乏，阻碍了对其多样性、适应性和保护的研究。在此，我们利用 PacBio HiFi 长读长测序、Illumina 短读长校正和 Hi-C 支架搭建，组装了< i>O. lini 的第一个染色体水平基因组。该 907.5 Mb 的组装体达到了 32.83 Mb 的叠连群 N50 和 34.89 Mb 的支架 N50，其中 99.93% 的序列被锚定到 25 条染色体上。重复元件占据了 387.36 Mb，占基因组的 42.69%。我们预测了 28,597 个蛋白编码基因，其中 99.05% 在 NR、KEGG、InterPro、SwissProt 和 GO 数据库中进行了功能注释。BUSCO 分析识别出 97.9% 的完整直系同源基因，证实了组装的完整性和注释的准确性。这一高质量的参考基因组为研究鲤科鱼类进化、环境适应和分子育种提供了基础资源，并支持< i>O. lini 的保护。