小鼠结直肠和胰腺肿瘤的蛋白质组学分析与探索性免疫细胞去卷积

《Scientific Reports》：Proteomic analysis and exploratory immune cell deconvolution of murine colorectal and pancreatic tumors

　　

摘要

CT26 结直肠癌和 KPC 胰腺癌模型是广泛使用的同基因系小鼠肿瘤模型，具有不同的特征，这些特征会影响它们对癌症治疗的反应。尽管被广泛使用，但它们的蛋白质组学图谱仍未得到充分表征。我们在三次重复实验中对 KPC 和 CT26 肿瘤应用了无标记定量蛋白质组学，以识别模型间的生物学差异，探索从整体蛋白质组数据中进行免疫细胞反卷积，并评估跨实验和预处理策略的可重复性。CT26 和 KPC 肿瘤显示出不同的全局蛋白质组谱，KPC 肿瘤富集了与细胞外基质重塑、细胞骨架组织、粘附和代谢适应相关的蛋白质，而 CT26 肿瘤富集了与增殖、RNA 加工和翻译相关的蛋白质。免疫细胞反卷积表明免疫细胞组成存在定性差异，与 KPC 肿瘤相比，CT26 肿瘤具有更高水平的 CD4 T 细胞和骨髓来源巨噬细胞，以及更低水平的骨髓来源树突状细胞。然而，结果对缺失值处理敏感，并且受限于参考样本的可用性和缺乏正交验证。跨实验和分析流程，CT26 和 KPC 之间的主要差异是可重复的，而实验特异性效应则变化较大。虽然需要进一步研究来评估我们发现的临床相关性，但它们为理解 CT26 和 KPC 肿瘤之间的生物学差异提供了蛋白质组学框架，并强调了基于蛋白质组学的肿瘤分析中可重复性的重要性。