乳腺癌新辅助化疗前后微 RNA 表达谱：与分子亚型、病理反应及临床时机的相关性——一项初步转化研究

《International Journal of Molecular Sciences》：MicroRNA Expression Profiles Before and After Neoadjuvant Chemotherapy in Breast Cancer: Correlations with Molecular Subtypes, Pathological Response, and Clinical Timing—A Pilot Translational Study

　　

摘要

新辅助化疗（NAC）是局部晚期乳腺癌的标准治疗方案，但病理反应的分子预测因子仍未完全明确，尤其是关于 microRNA (miRNA) 的动态变化。我们研究了与分子亚型、残留癌负担（RCB）和临床时间参数相关的 NAC 前后配对 miRNA 表达谱。这项初步研究纳入了 7 名接受 NAC（AC-T 或 TCHP）的浸润性乳腺癌患者（管腔型 A n = 3, 管腔型 B n = 1, TNBC n = 2, HER2 阳性 n = 1）。对 14 份 FFPE 标本（7 份 NAC 前核心针吸活检，7 份 NAC 后手术标本）进行了小 RNA 测序（NovaSeq X Plus, CeGaT GmbH, 项目 S17293）。差异表达分析使用了经 Benjamini–Hochberg 校正的配对 Wilcoxon 符号秩检验。Spearman 相关性分析评估了 miRNA 表达、RCB 评分与临床时间间隔之间的关联。候选 miRNA 随后使用实验验证的 miRNA-靶点相互作用进行了注释。过滤后（≥3 个样本中≥3 次计数），分析了 759 个 miRNA。多重检验校正后，没有 miRNA 达到严格显著性（padj < 0.05, |log₂FC| > 1.0），这与有限的统计效力（n = 7）一致。在探索性标准下（p < 0.10, |log₂FC| > 0.5），鉴定出 156 个候选 miRNA：NAC 后 70 个上调，86 个下调。主要候选者包括 NAC 后上调的 hsa-miR-139-3p (+2.60), hsa-miR-139-5p (+2.36) 和 hsa-miR-1323 (+1.55)，以及下调的 hsa-miR-429 (?2.53), hsa-miR-141-3p (?1.79) 和 hsa-miR-1277-5p (?1.25)。达到最低残留疾病负担的单一患者（P3, 管腔型 B, RCB-I, 评分 1.32）显示出独特的治疗前 miRNA 谱，在主成分分析中与所有其他 NAC 前标本分离，其特征是基线 hsa-miR-139-3p/-5p 较高，基线 hsa-miR-429 和 hsa-miR-141-3p 表达较低，这表明基线 miRNA 表达模式可能有助于解释化疗反应的差异。RCB 评分与 NAC 后 Ki-67 呈非显著正相关趋势（ρ = +0.71, p = 0.07）。这项初步研究确定了乳腺癌中 NAC 调控的候选 miRNA，并建立了一种适用于常规临床环境的基于配对 FFPE 的小 RNA 测序工作流程。单一最佳应答者独特的治疗前谱型产生了一个可检验的假设，即 miR-139 家族的肿瘤抑制 miRNA 的基线表达，连同低 miR-200 家族表达，可能追踪化疗敏感性。由于多重检验校正后没有候选者达到统计显著性，且没有任何候选者在独立队列中或通过正交方法得到验证，所有发现都是探索性和假设生成的。结果支持开展更大规模的前瞻性验证研究，考察 miRNA 特征谱作为跨乳腺癌分子亚型的 NAC 反应预测生物标志物。