摘要
背景：忠信拟棒鮟鱇（Ptychobarbus chungtienensis）是一种受威胁的淡水鱼类，仅分布于中国青藏高原及其周边的高海拔地区，如云南西北部。尽管之前已有关于P. chungtienensis的完整线粒体基因组的研究报告，但通过与高精度长读长测序生成的线粒体基因组进行直接比较，可以获得更多关于线粒体基因组结构和序列变异的信息。本研究旨在利用PacBio HiFi测序技术组装并注释P. chungtienensis的完整线粒体基因组，并将其线粒体基因组特征与先前发表的Ptychobarbus属线粒体基因组进行比较。 方法：从单个样本中提取高分子量基因组DNA，使用PacBio HiFi长读长测序技术对其进行测序。线粒体基因组通过MitoHiFi工具进行组装，随后使用MitoFinder进行注释并经过人工校验，并与先前发表的Ptychobarbus属线粒体基因组进行比对。通过最大似然分析法（采用扩展的分类单元采样）评估系统发育关系，并利用dN/dS比值模型分析13个线粒体蛋白质编码基因所受的选择压力。 结果：组装得到的线粒体基因组长度为16,583 bp，包含典型的37个线粒体基因（13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因），以及一个控制区和光链复制的起始位点（OL）。整体的A + T含量为54.97%。与先前报道的16,970 bp线粒体基因组相比，长度差异的387 bp主要集中在非编码区域，尤其是控制区和tRNA-Thr–tRNA-Pro基因间区域。基于22个完整线粒体基因组的系统发育分析显示，新组装的P. chungtienensis序列属于与Schizothorax macropogon高度支持的线粒体支系（bootstrap = 100%），而先前报道的P. chungtienensis序列则与P. kaznakovi聚类（bootstrap = 100%），这表明这两个P. chungtienensis记录代表不同的线粒体谱系。所有13个线粒体蛋白质编码基因的dN/dS比值均低于1，分支分析和分支位点分析均未检测到显著的谱系特异性阳性选择证据。 结论：基于长读长测序得到的线粒体基因组为P. chungtienensis提供了高质量的基因组资源，揭示了现有记录之间的显著线粒体序列和谱系差异。这些结果为线粒体基因组的比较研究和保护遗传学研究提供了基础，同时也表明不能仅凭线粒体数据推断物种间的系统发育关系和高海拔适应机制。
