在巴西的野生鸟类中检测到了一种新型的Megrivirus病毒基因组

《Microbiology Resource Announcements》：Divergent Megrivirus genome detected from wild birds in Brazil

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摘要

我们报告了一种在巴西东北部野生鸟类泄殖腔拭子中检测到的差异性Megrivirus菌株（avian/JF05/BA/BRA）的近乎完整的基因组。基因组组装和注释显示，其RNA基因组长度为9,680 bp，在核苷酸水平上与Megrivirus aturhepa物种的成员具有高达61.8%的相似性。这项研究强调了在野生鸟类中进行病毒监测的重要性。

公告

Picornaviridae家族包含158个物种，分为68个属（1）。其中，Megrivirus属包含五个物种：aturhepa、berockdo、chigalli、ceharri和ipengu。该病毒的基因组是一种线性、单链、正链RNA分子，长约9 kb，可编码一种多聚蛋白（2–4）。Megrivirus常见于家禽和野生鸟类中，其传播到其他动物和人类时可能构成潜在威胁（56）。

在本研究中，我们报告了从2016年7月至2017年3月和4月在巴西巴伊亚州Jandaíra地区收集的10只Sterna dougallii野生鸟类的泄殖腔拭子中获得的差异性Megrivirus aturhepa JF05菌株的近乎完整基因组。

核酸提取使用的是QIAamp DNA Mini Kit（QIAGEN）。用于测序的核酸浓度为1 ng/μL（Thermo Fisher Scientific公司的Qubit荧光计测定）。借助Nextera XT DNA Library Prep Kit（Illumina公司）构建了双端文库（2 × 10^1），并在HiSeq 2500测序系统（Illumina公司）上进行测序。测序产生了11,607,371条reads，通过Trimmomatic软件v0.39（7）进行处理，并使用Megahit软件v1.2.9（8）通过de novo策略进行组装，产生了29,790个contigs，长度范围为201至385,747 bp。这些contigs使用Kraken2 v2.1.0（9）进行了分类注释，其中一条9,680 bp的contig被鉴定为Megrivirus aturhepa A2的成员，与参考菌株LY（KC663628）的核苷酸同源性为61.8%。该基因组的覆盖率为约115.0×，形成了近乎完整的基因组序列。基因组比对和整理使用的是Geneious Prime v2025.2.1（10）。基因组注释和手动整理参考了从ICTV和GenBank检索的18个Megrivirus基因组（KY369299KY369300KC663628MT138381MH453806MH453805MF405436KC876003KC811837KY488458HM751199HQ189775KF979336KF979335KF961188KJ690629KF961186KF961187）。所得到的Megrivirus aturhepa JF05/BA/BRA菌株的基因组为线性结构，长度为9,594 bp，GC含量为47.0%，编码一种多聚蛋白。相同的18个基因组还被用于使用FastTree软件v2.1.11（11）进行的系统发育分析。除非另有说明，所有生物信息学工具均使用默认参数运行。与ICTV和GenBank中的所有Megrivirus参考基因组相比，P1、P2和P3多聚蛋白区域的核苷酸同源性最高，分别为63.7%、61.6%和66.1%（所有值均对应Megrivirus aturhepa物种）。系统发育分析显示所有物种形成了支持度较高的群体，bootstrap值均超过91%。JF05菌株是Megrivirus aturhepa物种的独立群（图1）。结果表明，JF05菌株可能是Megrivirus aturhepa的一个分化菌株，也可能代表一个新物种，这强调了监测家禽和野生鸟类中的picornaviruses的重要性，以便发现可能对农业造成问题并对人类健康产生影响的新型病原体。