MeTime：一个用于可复现纵向代谢组数据分析的R包

《Bioinformatics Advances》：MeTime: An R package for reproducible longitudinal metabolomics data analysis

　　

摘要

MeTime是一个开源的R软件包，用于可重复分析纵向代谢组学数据。它基于一个名为metime_analyser的核心S4容器，该容器可以存储多个数据集、相关元数据和分析结果，从而实现对复杂纵向研究的统一处理。分析过程通过组合模块化函数来完成，首先是数据转换（mod_*），接着是计算（calc_*），最后是可选的元分析（meta_*），因此整个工作流程都清晰透明且易于修改。MeTime将多种现有方法整合到一个统一的接口中，包括样本和代谢物分布分析、相关性与距离矩阵计算、降维技术（PCA、UMAP、t-SNE）、随机森林插补及Boruta特征选择、基于特征代谢物和WGCNA的聚类分析、保守性指数分析、回归模型（线性回归、混合效应回归和广义加性模型）以及部分相关网络分析。由于所有中间结果及其来源信息都被保存在容器中，MeTime支持迭代探索，并通过自动生成的HTML/PDF输出确保报告的可重复性。该软件包还配备了详尽的用户指南、案例研究和参考文档，使其成为处理纵向组学数据的多功能平台。