针对伊朗犬细小病毒2型变异株的多表位疫苗候选物：遗传特征分析与免疫信息学方法

《BMC Veterinary Research》：Multi-epitope vaccine candidate against Iranian canine parvovirus 2 variants: genetic characterization and immunoinformatics approach

　　``

摘要

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是导致犬只患致命性出血性肠炎的重要病原体。早期研究已证实伊朗境内存在这三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要策略；然而，新出现的变异株对传统疫苗的有效性构成了挑战。本研究旨在检测并基因表征伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，随后利用计算机模拟技术设计针对这些变体的多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物集区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步确认。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位用于疫苗构建。通过连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂结合，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力等方面进行了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、溶Kel性和亲水性特征。此外，通过三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的残基位于理想区域，表明结构建模质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫细胞受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度分别为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算手段设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有望作用于犬类免疫受体。亟需进一步的实验研究来验证这种新型多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的潜在应用价值。

``````

摘要

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是引发犬只致命性出血性肠炎的主要病原体。先前的研究已经证实伊朗境内存在所有三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要方法；然而，新出现的变异株对传统疫苗的效果产生了影响。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，并基于这些变体通过计算机模拟技术设计多表位疫苗。研究团队收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。利用现有的引物组鉴别了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，通过多种生物信息学工具筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位以用于疫苗构建。选用连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂连接，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力方面均经过了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、良好的溶解性和亲水性。三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的氨基酸残基位于理想位置，表明结构模型质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算机模拟设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有可能作用于犬类免疫受体。需要进一步的实验研究来验证这种新设计的多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的应用潜力。

``````

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是导致犬只患致命性出血性肠炎的重要病原体。早期的研究已经证实伊朗境内存在这三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要策略；然而，新出现的变异株对传统疫苗的有效性构成了挑战。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，并基于这些变体通过计算机模拟技术设计多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物集区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位用于疫苗构建。通过连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂结合，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力等方面进行了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、良好的溶解性和亲水性特征。此外，通过三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的氨基酸残基位于理想区域，表明结构模型质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫细胞受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度分别为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算机模拟设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有可能作用于犬类免疫受体。需要进一步的实验研究来验证这种新设计的多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的应用潜力。

``````

摘要

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是导致犬只患致命性出血性肠炎的致病因子。先前的研究已证实伊朗境内存在三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要方法；然而，新出现的变异株对传统疫苗的效果产生了影响。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，随后利用计算机模拟技术针对这些变体设计多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物组区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位用于疫苗构建。通过连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂结合，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力等方面进行了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、良好的溶解性和亲水性特征。此外，通过三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的氨基酸残基位于理想区域，表明结构模型质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫细胞受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度分别为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算机模拟设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有可能作用于犬类免疫受体。需要进一步的实验研究来验证这种新设计的多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的应用潜力。

``````

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是犬只的重要病原体，可引起致命的出血性肠炎。先前的研究已经证实伊朗境内存在这三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要手段；然而，新出现的变异株对传统疫苗的效果产生了影响。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，然后利用计算机模拟技术针对这些变体设计多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物集区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位用于疫苗构建。通过连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂结合，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力等方面进行了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、良好的溶解性和亲水性特征。此外，通过三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的氨基酸残基位于理想区域，表明结构模型质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫细胞受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度分别为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算机模拟设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有可能作用于犬类免疫受体。需要进一步的实验研究来验证这种新设计的多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的应用潜力。

``````

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是犬只的重要病原体，可引起致命的出血性肠炎。早期的研究已经证实伊朗境内存在这三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要方法；然而，新出现的变异株对传统疫苗的有效性产生了影响。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，然后利用计算机模拟技术针对这些变体设计多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物集区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B细胞和T细胞表位用于疫苗构建。通过连接子AAY、GPGPG、KK和EAAK将选定的表位与TLR 4激动剂及PADRE佐剂结合，最终形成了疫苗构想。该疫苗构想在物理化学性质、三维结构以及与MHC II和I类免疫受体相互作用能力等方面进行了计算机模拟评估。

结果

在15份阳性样本中，有10份进行了测序并提交至NCBI（MW924816.1和OL330974.1–OL330982.1），并构建了系统发育树。成功设计出的多表位疫苗具有稳定性、良好的溶解性和亲水性特征。此外，通过三维结构建模及Ramachandran分析显示，90.99%的氨基酸残基位于理想区域，表明结构模型质量较高且可靠。分子对接分析表明，该疫苗构想与犬类MHC I类和II类免疫细胞受体之间存在强烈的相互作用潜力，对接得分分别为-273.99和-318.5，置信度分别为0.92和0.96。

讨论

总体而言，我们发现了伊朗境内流行的CPV变体，并通过计算机模拟设计出了针对这些变体的特异性多表位疫苗构想，该疫苗有可能作用于犬类免疫受体。需要进一步的实验研究来验证这种新设计的多表位蛋白在开发高效CPV疫苗方面的应用潜力。

``````

引言

犬细小病毒2型（CPV-2）是犬只的重要病原体，可引起致命的出血性肠炎。早期的研究已经证实伊朗境内存在这三种CPV变体。疫苗接种是预防CPV感染的主要策略；然而，新出现的变异株对传统疫苗的有效性产生了影响。本研究旨在检测并基因分析伊朗临床感染犬只体内的CPV-2变体，然后利用计算机模拟技术针对这些变体设计多表位疫苗。研究人员收集了40份疑似CPV感染的直肠样本，并通过PCR检测进行了确认。使用已建立的引物集区分了不同的CPV变体，其中CPV-2c通过限制性分析得到了进一步验证。从阳性CPV样本中提取VP2基因，构建了最大似然度系统发育树。随后，利用多种生物信息学工具，从检测到的变体氨基酸序列中筛选出具有特异性、无毒、无过敏原性且高抗原性的B