冷冻保存对猪肠道活性微生物群复苏的影响

《AMB Express》：Effects of cryopreservation on the recovery of viable porcine intestinal microbiota

　　

摘要

猪肠道微生物群在宿主营养、肠道生理和健康方面发挥着重要作用，培养仍然是分离活菌以进行功能研究和微生物资源开发的关键。然而，在培养前保存特定区域猪肠道内容物的实用指南仍然有限，且以往大多数证据来源于人粪便样本或以 DNA 为核心的保存研究。在此，我们比较了新鲜处理与三种冷冻保存条件，以评估在 -80°C 储存一个月后，从一头健康巴克夏公猪的回肠、盲肠、结肠和直肠中恢复的可培养细菌组分及培养细菌群落的组成。结合厌氧培养、菌落计数和培养生物质的 16S rRNA 基因测序，我们发现新鲜样本在所有肠道区域始终能产生最高的可培养细菌恢复率。冷冻保存降低了各肠道区域的菌落计数，其中无保护冷冻（P0）的恢复率最低。计数从回肠的 1.19×10⁹ 降至 2.73×10⁸ CFU/g，从盲肠的 8.26×10⁸ 降至 3.33×10⁸ CFU/g，从结肠的 4.87×10⁸ 降至 2.10×10⁸ CFU/g，从直肠的 4.37×10⁸ 降至 1.24×10⁸ CFU/g，其中回肠观察到的绝对减少量最大。与无冷冻保护冷冻相比，含甘油的配方通常保留了更广泛的培养群落，并更好地保留了分类学代表性。这些结果表明，立即处理是猪肠道微生物群基于培养研究的最有利方法，而当无法进行新鲜培养时，冷冻保护剂辅助冷冻是短期储存的实用替代方案。总体而言，这项初步研究提供了特定区域的证据，以指导猪肠道样本的短期保存，用于细菌分离和未来的基于培养的微生物组研究。