弥合抗菌药物耐药性的差距——从基因组到“健康一体化”

《Canadian Journal of Microbiology》：Bridging the gaps in antimicrobial resistance—from genomes to One Health

　　

抗菌药物耐药性（AMR）仍然是现代医学面临的一大严峻挑战，这是因为具有治疗耐药性的病原微生物威胁日益增加，以及耐药基因跨物种传播。AMR 对公共卫生构成的威胁在过去十年中引起了广泛关注，但这种威胁在范围和影响上仍在不断增长（GBD 2021; Antimicrobial Resistance Collaborators 2024; Pan-Canadian Action Plan on Antimicrobial Resistance 2024）。本系列论文提供了一系列观点，深入探究 AMR 的多面性，从高危病原微生物的生物学特性到加拿大统一应对所面临的系统性政策挑战。通过整合基因组学见解、新型治疗策略以及“同一健康”视角，这些研究强调了为何孤立的方法不足以最大化 AMR 应对的影响力。

同一健康范式：动物、环境与储存库

本系列中一个反复出现的主题是人类健康、动物种群与环境之间明确且深刻的联系（Stoica and Cox 2021）。对垃圾填埋场的宏基因组分析显示，这些环境中存在高多样性的 AMR 基因。某些 AMR 基因与移动遗传元件的关联表明，垃圾填埋场可能作为耐药基因的储存库，并在临床上相关的 AMR 的进化和传播中发挥重要作用（Ippolito and Hug 2026）。

对加拿大大西洋沿岸省份伴人鸥的研究揭示了它们作为多重耐药（MDR）大肠杆菌的重要储存库和媒介的作用，包括像 ST648 这样的高风险序列型。这些鸟类在更广泛的生态背景下，促进了如赋予磺胺类和四环素类耐药性的基因等耐药基因在环境中的传播（Sallem et al. 2026）。

同样，加拿大禽类生产的动态揭示了 AMR 传播的复杂性。IncI1 质粒被确定为海德尔和肯塔基血清型肠炎沙门氏菌耐药性的主要驱动因素，其流行程度受地理区域和生产阶段的影响（Hetman et al. 2026）。然而，禽类微生物组也提供了潜在的解决方案；探索健康鸡中的共生假单胞菌门表明，这些细菌可以在未来的益生菌中被利用，以增强对病原体的定植抗性（Feng and Ronholm 2026）。

通过基因组学推进监测

随着病原微生物不断进化，我们追踪它们的方法也必须随之进化。本系列突出了泛基因组分析和整合基因组学如何革新我们对新兴和复燃威胁的理解：

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新兴病原微生物：对新兴病原微生物山羊葡萄球菌的研究揭示了富含防御机制和水平基因转移潜力的“开放式”基因组。该物种中mecA和blaZ等多种耐药决定因子的共存，造成了限制临床选择的高风险 MDR 表型（Zhang et al. 2026）。

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复燃感染：尽管梅毒在 1990 年代几乎被消除，但随着该病原微生物大环内酯类耐药性的增加，梅毒已出现复燃。新的基于基因组的分层框架现在正在帮助研究人员表征苍白密螺旋体的谱系和亚谱系，以支持公共卫生干预（Long et al. 2025）。

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高危威胁：

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肺炎克雷伯菌是 ESKAPEE 病原微生物组的一员，由于其获取和传播 AMR 基因的能力，仍然是日益增长的威胁。这些基因的传播导致了耐药率的上升，限制了治疗选择。高毒力及多重耐药高毒力菌株的出现进一步加剧了公共卫生风险（Braun et al. 2024）。

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艰难梭菌是加拿大医疗保健机构中感染性腹泻最常见的原因，现在已成为非医疗保健环境中感染的原因。一项全基因组关联研究比较了在医疗和非医疗相关环境中收集的 3870 株分离株的泛基因组，显示了不同选择压力对 AMR 基因库的影响。医疗保健环境显示大环内酯类和氟喹诺酮类耐药基因的流行率增加，而氨基糖苷类和四环素类耐药基因在非医疗保健环境中更为常见。这种模式反映了这些环境中的抗生素使用情况，并强调了抗菌药物管理的重要性（Jara et al. 2026）。

噬菌体时代：新的治疗前沿

随着对传统抗生素耐药性的上升，对替代疗法的探索仍在继续，特别是那些针对生物膜（即结构化的细菌群落， notoriously 难以根除）的疗法。

本系列中的两项研究展示了噬菌体成为解决方案一部分的潜力。从短尾噬菌体科和肌尾噬菌体科分离出的噬菌体显示出对耐药铜绿假单胞菌的强裂解活性，有效降解生物膜并调节生物膜相关基因的表达（Mian et al. 2026）。此外，噬菌体混合制剂证明了防止大肠杆菌 O157:H7 附着到人肠上皮细胞的有效性，为预防和治疗感染带来了希望（Faizal and Niu 2026）。

加拿大的格局与政策挑战

虽然 AMR 科学在进步，但结构性应对仍然是一个障碍。在加拿大，专家指出医疗系统是去中心化的，AMR 战略因省而异。COVID-19 大流行进一步 complicates 了这些努力，转移了资源并可能增加了耐药性，尽管它也推动了感染预防与控制的改进以及公众对传染病意识的增强（Lorcy et al. 2026）。

2023 年全加拿大行动计划（Pan-Canadian Action Plan on Antimicrobial Resistance 2024）标志着迈向我们所认为必不可少的统一、多部门战略的一步。本系列提醒我们，有效应对 AMR 不仅需要科学创新，还需要更强的政治承诺、跨越同一健康部门的改进监测，以及与多个利益相关者交叉的更好资助的 stewardship 项目。