《Plant Physiology and Biochemistry》：Temporal transcriptional networks coordinate ABA-GA-JA crosstalk during cold-induced modulation of seed dormancy and germination in wheat (
Triticum aestivum L.)
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通过结合全基因组转录组、靶向激素组和药理学方法，本研究表明，时间分辨的转录调控网络整合激素串扰，是小麦冷诱导的种子休眠与萌发调控的基础。在冷处理与未冷处理的休眠种子于最适温度（optimal temperature, OT；22°C）吸胀后，以及同一批种子在冷
通过结合全基因组转录组、靶向激素组和药理学方法，本研究表明，时间分辨的转录调控网络整合激素串扰，是小麦冷诱导的种子休眠与萌发调控的基础。在冷处理与未冷处理的休眠种子于最适温度（optimal temperature, OT；22°C）吸胀后，以及同一批种子在冷条件和OT下吸胀后，差异表达的同源基因（gene homoeologues, GHs）分别代表不同的生物学过程（biological processes, BPs），表明特定BPs的协同激活/抑制在冷介导的休眠和萌发改变中发挥作用。研究人员的分析强调，茉莉素（jasmonate, JA）-赤霉素（gibberellin, GA）协同作用以及JA-脱落酸（abscisic acid, ABA）或GA-ABA拮抗作用在冷处理休眠种子于OT吸胀期间调控休眠释放中发挥重要作用。与在OT吸胀的休眠种子相比，在冷中吸胀的休眠种子萌发受抑与种子对JA和GA敏感性受到协同抑制及其对ABA敏感性被激活有关。TaWRKY、TabHLH、TaMYB、TaNAC、TaERF、TaARF和TabZIP转录因子家族的特异成员建立了涉及特定GA、ABA和JA代谢与信号GHs的转录网络，从而形成ABA-GA-JA串扰，增强冷处理后在OT吸胀期间的休眠释放并抑制冷处理期间的萌发。
该研究发表于《Plant Physiology and Biochemistry》，围绕小麦（Triticum aestivum L.）种子休眠与萌发受冷处理影响这一现象，系统解析了ABA、GA和JA三类激素串扰的时间转录调控网络。种子休眠是抑制种子在适宜条件下萌发的重要农艺性状，小麦休眠水平与穗发芽（preharvest sprouting, PHS）密切相关，PHS可造成产量和品质的显著损失。温度是影响休眠获得、维持和释放的关键环境因子。小麦干休眠种子在4°C冷吸胀时萌发受抑；而经48 h冷处理后转至22°C最适温度（OT）吸胀，休眠释放并快速萌发。但此过程的分子机制，尤其是同源基因（gene homoeologue, GH）层面的转录动态和ABA-GA-JA串扰的整合机制尚不清楚。普通小麦为异源六倍体，基因组包含高度相关的同源基因，单个同源基因对总表达可能贡献不均，因此需要在同源基因层面解析转录动态。研究人员以小麦品种AC Domain成熟干休眠种子为材料，采用全基因组转录组、靶向激素组和药理学方法，比较冷处理/未处理种子在OT吸胀12、24 h，以及冷/OT吸胀24、48 h的胚胎样本，构建时间分辨的差异表达同源基因（differentially expressed gene homoeologue, DEGH）共表达和转录调控网络，结合qRT-PCR验证和激素定量，揭示了冷诱导休眠与萌发调控的分子机制。
主要关键技术方法包括：全基因组RNA-seq（Illumina NovaSeq
