摘要
Aflatoxin B1（AFB1）是一种强效的食源性霉菌毒素，纳米体为其提供了紧凑且可工程化的检测试剂，但它们之间亲和力差异的分子基础尚不明确。本研究比较了三种密切相关的纳米体：G8、NB28和NB26。荧光相关光谱分析显示，G8与AFB1-BSA结合的解离常数最低，其次是NB28和NB26。为了解决这种亲和力差异，我们对每种复合物进行了三次3微秒的分子动力学模拟。尽管所有复合物都保持稳定，但G8在其延长的CDR3区域保持了广泛的、持久的芳香族和疏水接触，而NB28和NB26则依赖于PHE47和TRP101处的局部接触。通过残基级别的分子动力学分析证实了这些持久接触对热力学的有利贡献。最终，结合接触占据率、能量分解和成对共现性分析，我们识别出了不同的协同接触网络（G8有6个，而NB28/NB26只有2个）。这一工作流程展示了如何通过映射动态的、协同的结合网络，而不是静态的邻近性，系统地为研发高亲和力检测试剂的候选残基进行排序，从而提升食品安全监测的效果。
