在与英国一家饮料包装厂的合作项目中,从该工厂制备的琼脂划线平板上获取的酵母菌落经过纯化处理(通过重新接种到添加了氯霉素(10 mg/mL)的酵母-霉菌(Yeast-Mold, YM)琼脂和罗德 Bengal 琼脂上,并在 25°C 条件下培养)。继续培养直至菌落形态一致且稳定。使用 MP Bio 土壤 DNA 提取试剂盒提取 DNA,然后利用 NL1(5′-GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG-3′)和 NL4(5′-GGTCCGTGTTTCAAGACGG-3′)引物通过 PCR 扩增大亚基 RNA 基因(LSU)的 D1-D2 区域并对其进行测序以鉴定物种(
1)。其中,一个编号为 D6427D 的单菌落与其他存在于美国国家生物技术信息中心(NCBI)和欧洲生物信息学研究所(EBI)数据库中的 LSU rDNA D1-D2 序列的相似度最低(
2)。最高相似度为 KY106712.1(
Candida qinlingensis CBS 9768
T),相似度为 93.1%(覆盖率 100%)。该菌落在 YM 培养基中于 25°C 下培养 72 小时后,被存入 NCYC 公共数据库,命名为 NCYC 4493。D1-D2 序列以访问号
OZ482519 提交至 GenBank。
从 10 mL 的静止相 YM 培养基(在 25°C 下培养 72 小时)中提取基因组 DNA,使用的是 MP Bio 的 FastDNA SPIN Kit。利用 Nextera DNA Flex Library Prep Kit(Illumina)制备短读长文库,稀释比为 20 倍。测序工作使用 NextSeq 2000 测序仪完成,产出了 1,809,210 个 150 bp 的双端读段(覆盖率为约 38 倍)。
从相同的 gDNA 样本中制备 Nanopore 文库(无需剪切或大小选择),使用的是 1D Ligation Kit(Oxford Nanopore Technologies, ONT),并将其加载到 PromethION 2 Solo 仪器上的 FLO-PRO114M 流式细胞上(ONT)。共获得 45,133 个读段,平均读长为 4,535 bp(覆盖率为 14.4 倍)。除非另有说明,所有软件均使用默认参数进行操作。碱基调用使用 MinKNOW(ONT; v24.11.8)的 super-accuracy 模式(model dna_r10.4.1_e8.2_400bps_sup@v4.3.0)。原始短读段和长读段的修剪及过滤分别使用 fastp v1.0.1 和 fastplong v0.4.1 完成(
3)。
使用 Flye 2.9.6(
4)通过
De novo 方法对 Nanopore 读段进行组装,采用 “ONT high-quality” 模式处理长读段。首先使用 medaka v2.0.0(ONT)对组装结果进行优化,然后使用 NextPolish v1.4.1(
5)结合 Illumina 数据完成进一步优化。组装统计信息由 QUAST v.5.0.2(
6)生成。最终获得的组装结果包含 29 个 contig,总长度为 11,166,610 bp,N50 值为 1,104,533 bp,GC + C 含量为 39.35%。使用 saccharomycete_odb10 数据集,通过 BUSCO(QIB Galaxy v.5.5.0)(
7,
8)估计基因组完整性为 95.2%(
8,
9)。Augustus(QIB Galaxy v.3.2.3)(
8,
9)利用
Saccharomyces cerevisiae 训练数据集预测了 5,389 个蛋白质编码基因。
使用 Barrnap(QIB Galaxy v.1.2.1)(
8,
10)从组装结果中提取 18S rDNA 区域。在 contig 14、15 和 30 上发现了三处 18S rDNA 片段。通过 BLAST 检索,与 NCBI 和 EBI 数据库中其他 18S rDNA 序列最接近的物种是
Barnettozyma pratensis NRRL Y-12696(
NG_063293.1),相似度为 97.85%(覆盖率 93%)。