中国遗传性乳腺癌与卵巢癌家族中罕见种系BRCA2移码变异的鉴定与分离分析

《Discover Medicine》：Identification and segregation analysis of a rare germline BRCA2 frameshift variant in a Chinese family with hereditary breast and ovarian cancer

　　

遗传性乳腺癌和卵巢癌（HBOC）主要与BRCA1和BRCA2的致病变异相关。然而，当支持证据有限时，罕见BRCA2变异的临床解读仍具挑战性。研究人员报告了一个携带罕见种系BRCA2移码变异（c.7523_7526delGCAG）的中国HBOC家族，并描述了支持其分类的临床和共分离证据。病例展示：先证者为一名81岁女性，诊断为FIGO IIIC期双侧高级别浆液性卵巢癌。术后肿瘤-血液配对多基因下一代测序（NGS）鉴定出一个杂合性罕见种系BRCA2移码变异（c.7523_7526delGCAG）。其孙女曾在37岁时诊断为浸润性乳腺癌，经靶向种系检测确认携带相同变异。对额外亲属进行的级联Sanger检测在一个无症状男性携带者中鉴定出该变异，并确认未受累家庭成员中不存在该变异，提供了支持性共分离证据。基于序列分析、人群数据库证据、预测的功能缺失后果及家系信息，该变异根据ACMG/AMP框架被分类为可能致病性。经遗传咨询和多学科评估后，孙女接受了健侧降低风险乳房切除术和双侧输卵管卵巢切除术。预防性切除标本的组织病理学检查显示良性发现。结论：据研究人员所知，这是首个同行评审的关于携带可获取共分离数据的中国HBOC家族中BRCA2 c.7523_7526delGCAG变异的报道。该病例扩展了罕见BRCA2移码变异的突变谱和临床记录，也为临床实践中遇到相同或相似变异时的变异解读、遗传咨询和风险管理提供了有用参考。

研究背景：乳腺癌是全球常见的恶性肿瘤之一，2022年全球新发病例约230万例，死亡约66.6万例，亚洲占全球新发病例的42.9%。中国女性乳腺癌新发病例约35.7万例，位居恶性肿瘤前列。遗传性乳腺癌和卵巢癌（HBOC）是一种常染色体显性遗传的肿瘤易感综合征，主要表现为乳腺癌和卵巢癌家族聚集、发病年龄早及双侧或多原发肿瘤风险增加。BRCA1和BRCA2是HBOC的主要易感基因，其致病变异通过损害同源重组修复（HRR）通路，导致DNA双链断裂修复缺陷和基因组不稳定，从而促进肿瘤发生。大型前瞻性队列研究显示，BRCA1和BRCA2携带者至80岁的累积乳腺癌风险分别约为72%和69%，卵巢癌风险分别约为44%和17%。尽管许多BRCA2功能缺失性截短变异已被充分表征，但罕见或新变异仍在不断被发现，尤其是在现有基因组数据库和临床变异库中代表性不足的人群中。这些罕见变异的临床解读常因缺乏人群频率、共分离和功能数据而面临挑战。本研究报道了一个携带罕见BRCA2移码变异c.7523_7526delGCAG的中国三代HBOC家族，并整合临床特征、基因检测、共分离分析及多学科风险管理策略，为变异解读和临床实践提供参考。该论文发表在《Discover Medicine》。
研究人员开展的研究：先证者为81岁女性，诊断为FIGO IIIC期双侧高级别浆液性卵巢癌。术后采用肿瘤-血液配对多基因下一代测序（NGS）进行分子评估，检测520个癌症相关基因并评估同源重组缺陷（HRD）状态，发现BRCA2外显子15存在杂合移码变异c.7523_7526delGCAG [p.(Gly2508Valfs*15)]。其孙女37岁诊断左侧浸润性乳腺癌，经靶向种系检测确认携带相同变异。对8名家系成员进行评估，其中6人接受种系检测：2例患病成员（先证者及其孙女）和1例无症状男性携带者（58岁未患癌）检出该变异，3例未受累亲属均为野生型非携带者。未检测的2人为未患癌的I-1（已故）和拒绝检测的II-1。系统查询gnomAD、1000 Genomes、ExAC、ClinVar、BRCA Exchange、LOVD等数据库，以及在PubMed进行系统文献检索，均未发现该变异，证实其罕见性和新颖性。基于序列分析、预测的功能缺失后果、人群数据库证据和家系共分离信息，依据ACMG/AMP框架将变异分类为可能致病性。
主要关键技术方法包括：肿瘤-血液配对多基因NGS（520基因，含HRD评分）；Sanger测序进行变异确认和级联家系检测；系统查询全球人群和临床变异数据库；应用ACMG/AMP标准进行变异分类；多学科团队（MDT）评估与遗传咨询。样本队列为来自中国的一个三代HBOC家系，共纳入8名成员，其中6名完成种系检测。
研究结果：
临床特征：先证者表现为FIGO IIIC期双侧高级别浆液性卵巢癌，免疫表型支持Müllerian高级别浆液性癌（PAX8阳性、WT1阳性、p53异常表达、Ki-67约60%）。其孙女为37岁早发性浸润性导管癌伴导管原位癌，组织学分级II级，病理分期pT1cN1mi(sn)，激素受体阳性、HER2无扩增（HER2/CEP17比值1.8，平均HER2拷贝数4.2），Ki-67约30%。
基因检测与变异鉴定：肿瘤-血液配对NGS在先证者中检出BRCA2 c.7523_7526delGCAG杂合变异，等位基因频率47.09%。该4-bp缺失导致第2508位密码子开始移码，并在15个氨基酸后引入提前终止密码子。由于终止密码子位于外显子15且远在最后外显子-外显子连接点上游，突变转录本预计被无义介导的mRNA降解（NMD）降解。该变异在gnomAD、1000 Genomes、ExAC、dbSNP、ClinVar、BRCA Exchange和LOVD数据库中均不存在，PubMed检索也未发现相同变异报道。
共分离分析：针对可及亲属进行级联Sanger检测，结果在两例患病成员（先证者及其孙女）和一例无症状男性携带者中检出该变异，而3例未受累检测亲属均为野生型。由于家系中所有患病个体均接受了基因检测，且符合共分离模式，该证据支持ACMG/AMP PP1标准。
变异致病性分类：综合PVS1（预测功能缺失）、PM2（人群数据库缺失）、PP1（共分离证据）等标准，该变异被分类为可能致病性。
风险管理与随访：先证者因HRD阳性及种系BRCA2变异，术后接受PARP抑制剂奥拉帕利维持治疗。孙女经MDT评估和遗传咨询后，选择行健侧单纯乳房切除术和腹腔镜双侧输卵管卵巢切除术；预防性标本病理检查均为良性，未见隐匿性恶性肿瘤。随访期间先证者维持奥拉帕利治疗，孙女恢复良好。
讨论总结：该家族属于东亚血统，而东亚人群尤其是中国家庭在已发表的共分离数据集和变异数据库中代表性不足，这增加了罕见BRCA2变异解读的难度。从机制上看，该移码变异预计通过NMD导致BRCA2等位基因表达显著降低或丧失；若转录本逃逸NMD并翻译，所产生截短蛋白将缺少包括DNA结合/DSS1相互作用区域及C端RAD51结合区域在内的关键功能结构域，从而损害同源重组修复功能。临床层面，先证者的卵巢癌和孙女的早发性乳腺癌均属于HBOC谱系，变异在患病成员中存在、在未受累亲属中缺失，进一步支持其可能致病性。该病例还体现了多基因NGS、级联检测和多学科管理在HBOC中的临床价值，但研究也存在单一家庭、未进行体外功能实验以及随访时间较短等局限性。
研究结论翻译：据研究人员所知，BRCA2 c.7523_7526delGCAG移码变异此前尚未在拥有共分离信息的中国HBOC家族中被同行评审报道。在本家族中，该变异存在于两例患病成员中，通过无症状男性携带者传递，并在接受检测的未受累亲属中缺失。结合其预测的功能缺失效应及在人群和临床变异数据库中的稀有性，这些发现支持依据ACMG/AMP框架将该变异分类为可能致病性。在代表性不足人群中记录罕见且特征明确的BRCA2变异，有助于扩展BRCA2变异解读的临床证据基础，并在临床实践中遇到相同或相似变异时提供有用参考。