头颈鳞状细胞癌患者血液DNA甲基化与免疫检查点抑制剂相关治疗结果的关联

《npj Precision Oncology》：Associations of blood DNA methylation with immune checkpoint inhibitor related outcomes in patients with head and neck squamous cell carcinoma

　　

摘要

在这项探索性的全表观基因组关联研究（EWAS）中，我们旨在探讨接受免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的复发性/转移性（R/M）头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中，治疗前血液来源的DNA甲基化水平与生存结果和反应之间的关联。这些患者来自达纳-法伯癌症研究所（Dana-Farber Cancer Institute）、达特茅斯癌症中心（Dartmouth Cancer Center）和罗德岛医院（Rhode Island Hospital）。在开始ICI治疗前收集了患者的外周血，并使用Illumina EPIC V1和V2 BeadArrays技术测量了DNA甲基化情况。经过严格的质量控制后，选择了67,712个甲基化变异最显著的CpG位点，将其纳入与总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）相关的EWAS分析中。模型调整了关键协变量，包括由DNA甲基化所决定的免疫细胞类型比例。在116名入组患者中，64名（55.2%）在随访期间死亡，22名（19.0%）出现癌症进展。在剩余的30名（25.9%）无进展的患者中，有13名对ICI治疗产生了完全反应。我们发现了两个与无进展生存期改善相关的CpG位点（cg04079758和cg10654272），其假发现率[FDR]低于0.05。这些CpG位点分别位于19号染色体的South Shelf区域和6号染色体的OpenSea区域。此外，其中一个CpG位点cg04079758位于与肿瘤微环境中的组织重塑和炎症相关的Kallikrein 9（KLK9）基因上。没有CpG位点与总生存期显著相关。不同的血液DNA甲基化特征可能与R/M HNSCC患者接受ICI治疗后的结果相关。