使用Dory对基于图像的染色质追踪数据进行差异分析

《Genome Biology》：Differential analysis of image-based chromatin tracing data with Dory

　　

摘要

基因组的空间组织决定了细胞的身份和基因表达的调控方式，但目前用于分析基于图像的染色质追踪数据的计算工具仍然有限。我们提出了Dory这一统计方法，它可以识别两组染色质追踪数据之间的空间差异模式。Dory能够量化基因组区域之间的成对空间距离，并检测出显著的结构差异，从而生成区域对的差异得分矩阵。应用于多个染色质追踪数据集后，Dory发现了与A/B区室改变以及与基因表达差异相关的启动子-增强子相互作用相关的染色质结构变化。Dory是一种强大且用户友好的工具，适用于基于图像的3D基因组数据的定量分析。

图形摘要

基因组的空间组织决定了细胞的身份和基因表达的调控方式，但目前用于分析基于图像的染色质追踪数据的计算工具仍然有限。我们提出了Dory这一统计方法，它可以识别两组染色质追踪数据之间的空间差异模式。Dory能够量化基因组区域之间的成对空间距离，并检测出显著的结构差异，从而生成区域对的差异得分矩阵。应用于多个染色质追踪数据集后，Dory发现了与A/B区室改变以及与基因表达差异相关的启动子-增强子相互作用相关的染色质结构变化。Dory是一种强大且用户友好的工具，适用于基于图像的3D基因组数据的定量分析。

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