Geneslator：一个用于全面基因标识符转换与注释的 R 包

《BMC Bioinformatics》：Geneslator: an R package for comprehensive gene identifier conversion and annotation

　　

摘要

研究动机

高通量测序产生了大量的基因列表，使得数据解读具有挑战性。准确的基因注释以及标识符之间可靠的转换（例如，基因符号、Ensembl GeneID、Entrez GeneID）对于整合数据集、进行功能分析以及实现跨物种比较至关重要。现有工具和数据库促进了注释工作，但往往存在不一致性、映射缺失和工作流碎片化的问题，限制了可重现性和可解释性。

结果

为了解决这些局限性，我们开发了 geneslator，这是一个 R 包，统一了跨八种模式生物（Homo sapiens、Mus musculus、Rattus novergicus、Drosophila melanogaster、Danio rerio、Saccharomyces cerevisiae、Caenorhabditis elegans、Arabidopsis thaliana）的基因标识符转换、直系同源基因映射和通路注释。geneslator 提供了一个最新、精确且连贯的框架，能够保持数据完整性，实现跨物种分析，并促进对基因功能和调控的稳健解读，性能优于最先进的基因注释工具。

获取方式

geneslator 可在 https://github.com/knowmicslab/geneslator 获取。